PLFAs是几乎所有活体细胞膜的主要成分，周转速率极快且随细胞死亡而迅速降解，脂肪酸结构与种类多样，对环境因素敏感，分析结果重复性较好。既可用简单试剂和设备测定由PLFAs转化的磷酸盐以确定微生物总量，也可以根据不同菌群的特定脂肪酸C链长度、饱和度及羟基等取代基位置差异研究特殊功能菌群。在微生物定量及活力测定方面，PLFAs与微生物量C、底物诱导呼吸（SIR）及ATP等测定方法所得结果十分吻合。因此，PLFAs在土壤微生物学研究中很有潜力。
磷脂脂肪酸在土壤中的功能主要包括以下几个方面：
（1）作为细胞膜的组成成分，参与微生物的细胞结构和功能。
（2）可以作为能源来源，供给微生物进行代谢和生长。
（3）参与土壤中的有机质的分解和循环过程。
（4）对土壤中的酶活性和微生物群落结构具有调节作用。
实验步骤
（1）称3 g土壤与15 ml 0.2M甲醇化的KOH混匀，放入离心管中。
（2）在37℃培养1 h，每10 min漩涡震荡一次。
（3）加入3 ml 1.0 M冰醋酸10 ml正己烷，分层。
（4）4800 r离心15 min。
（5）取上清移至试管，在氮气下吹干。
（6）将试管内磷脂脂肪酸溶解于0.5 ml 1:1甲基叔丁基醚:正己烷，转移到气质联用色谱分析用小管待分析。
将处理好的样品用Agilent 6890GC / 5973 MS气质联用仪进行分析，参数设定如下：
色谱柱：利用处理后的石英毛细管柱（0.25 mm×30 nm×0.25 um）。
样口温度为250℃，不分流进样。
采用恒流模式，流速为0.8 ml/min，载气为高纯氦气。
程序升温：80℃（保持2 min），以50°C/min的速度升至150 ℃（保持2 min），以2.5°C/min的速度升至195°C（保持3 min），再以2.5°C/min的速度升至240℃（保持5 min）。
电离方式：EI（70eV）
离子源温度：150 ℃
四极杆温度：230 ℃
接口温度：280 ℃
扫描方式：SIM
C14:0是外标物
磷脂脂肪酸含量计算公式
PLFA（nmol/g土样）=（PPLFA × S × V）/（POSTD × D × R × W）
式中PPLFA和POSTD分别是样品和标准物质的峰值面积，s为外标标准物质的浓度（ng·ul-1），V为样品的测定体积（ul），R为分取倍数，D为稀释倍数，W为烘干土质量（g）。
