傅里叶变换质谱仪（FTMS）的MS-MS工作方式主要包括母离子的激发、离子的运动和碰撞、子离子的接收以及信号的处理等步骤。具体来说，FTMS通过快速扫频脉冲对所有离子“同时”激发，然后使母离子受激，使其运动半径增大，同时控制其轨道不要与接收极相撞。在此过程中，母离子在室内与本底气体或碰撞气体碰撞产生子离子。之后，FTMS改变射频频率接收子离子。此外，还可以由子离子谱中选择一个离子再做子离子谱。因此，FTMS可以实现5-6级子离子谱。
傅里叶变换质谱仪具有高分辨率和高灵敏度，这使得它能够十分精确地测定物质。其分辨率可达100万以上，而且检测准确度高、数据采集速度快。
傅里叶变换质谱仪可以进行多级质谱检测，这意味着它可以在一次分析中提供多个级别的质谱信息，这对于复杂混合物的分析尤为有用。
质谱分析法主要是通过对样品的离子的质荷比的分析而实现对样品进行定性和定量的一种方法。因此，质谱仪都必须有电离装置把样品电离为离子，有质量分析装置把不同质荷比的离子分开，经检测器检测之后可以得到样品的质谱图。
傅里叶变换质谱仪广泛应用于化学、生物学等领域，可以用于有机物分子量、生物大分子、蛋白质组学、蛋白鉴定、蛋白表达、蛋白定量、生物标记、翻译后修饰、药物代谢等方面的分析研究。
傅里叶变换质谱仪的体积大、质量重，且产品价格高昂，维护费用昂贵，因此主要应用在科研领域。
傅里叶变换质谱仪的技术创新主要体现在它的高分辨率和灵敏度上。它利用规律性的电场或磁场的变化，加大带电粒子的区分度，从而实现了高精度的质谱分
傅里叶变换质谱仪MS-MS不能在潮湿的环境中工作，也不能在高温干燥的环境中工作。需要注意傅里叶变换红外光谱仪的工作环境的适用性。避免所有类型的磁场干扰，以确保傅里叶变换红外光谱仪能够检测到更高，更准确的精度。
专业制造的傅里叶变换红外光谱仪还要求员工操作。这是专业和正规操作培训的主要要求。同时，建议有一名高级技师在使用傅里叶变换红外光谱仪测试样品时进行现场演示。如果元件由傅里叶变换红外光谱仪检测，操作员应注意防辐射。
要测试的样品表面应光滑，并且要清洁。只有这样才能避免其他元素、的干扰，如果样品表面如果油被污染或被金属污染，傅里叶变换红外光谱仪检测到的。因此，我们不仅在购买时注重傅里叶变换红外光谱仪的价格，而且还选择具有优异耐用性和价格的傅里叶变换红外光谱仪，并在前提下注意当前操作样品。 经测试符合操作标准。
仪器状态:如果一切连接正常,右上角显示为绿勾,如果出现红叉可能为傅里叶变换红外光谱仪联机状态不正常,也可能是需要做仪器性能确认,以软件能够正常操作为准。例行的维护:检查傅里叶变换红外光谱仪干燥剂是否正常,如指示片变成白色,需要更换干燥剂。
质谱分析法主要是通过对样品的离子的质荷比的分析而实现对样品进行定性和定量的一种方法。因此,质谱仪都必须有电离装置把样品电离为离子,有质量分析装置把不同质荷比的离子分开,经检测器检测之后可以得到样品的质谱图。
