当碳水化合物以共有序列天冬酰胺-X-丝氨酸/苏氨酸连接到天冬酰胺上时，就会发生N-糖基化，其中X是脯氨酸以外的任何氨基酸。当表达的蛋白在细胞内质网中合成时，发生了预先形成的脂质固定保守聚糖的整体转移。当合成的蛋白质通过高尔基体进入时，保守的N-连接的glyan被酶（糖苷酶和糖基转移酶）“加工”。这些加工酶的存在，它们的相对水平以及蛋白质上糖基化位点对这些酶的可及性决定了蛋白质的最终糖基化类型。O-糖基化发生在氨基酸丝氨酸和苏氨酸上，但不符合线性共有序列。有一些控制该过程的规则，如：糖基化区域内经常有附近的脯氨酸氨基酸，丝氨酸和茶氨酸的串联重复很常见。
一、N-聚糖
分析N-聚糖分析是最-活跃的研究领域。适用于N-糖基化分析的技术也适用于O-糖基化。哺乳动物中最-丰富的N-聚糖结构是复杂类型，其中许多N-乙酰氨基葡糖结构被附加到分子上，并与半乳糖，岩藻糖和唾液酸残基一起延伸，形成两个至四个触角结构。确切的结构反映了表达过程中所用细胞类型中存在的酶的性质，以及细胞所处的精确环境。国际协调会议（ICH）质量指南Q6B描述了应针对这些结构进行的分析类型，以了解存在的不同类型单糖的量，聚糖的触角分布特性和连接性每个结构中的单糖含量，以及蛋白质骨架上不同糖基化位点的聚糖结构。
二、详细信息的分析过程：
糖基化的分析涉及许多物理和酶促步骤，以释放聚糖，然后将它们与肽和混合物中存在的任何O-糖肽分开。O-聚糖可以从O-糖肽中化学释放，并与其余肽链分开纯化。然后对分离的N-聚糖和O-聚糖进行全甲基化衍生，使它们可以使用基质辅助激光解吸电离质谱法（MALDI-MS）分析。也可使用色谱分析样品。如，带有脉冲安培检测（HPAEC-PAD）的高pH阴离子交换色谱法可用于分析N-聚糖。该法在三种制剂中提供了一致的数据，代表2、3和4个唾液酸化聚糖的一系列簇峰。该分析根据所产生的产物给出了一些结构信息，而对于聚糖的确切性质却给出的信息很少。因此，像这样的技术对于比较工作很有用，但没有提供太多表征分子的结构信息。
三、使用质谱表征
前述的过甲基化方法允许在非衍生化状态下分离具有相似质量的聚糖。如：两种聚糖-具有相同的结构，除了一个包含一个N-乙酰神经氨酸（唾液酸）残基，另一个包含两个岩藻糖残基-在天然状态下，分子量仅相差1Da，但当相差13Da时，具有相同的结构衍生化。基质辅助激光解吸电离质谱（MALDI-MS）分析可得出存在的聚糖的总体概况。使用光谱分析的峰（质量），结合对N-聚糖，核心结构和存在的生物合成途径的了解，可以得出聚糖单糖的组成。
接下来，可使用电喷雾质谱（ES-MS）裂解过甲基化的聚糖。断裂路径是明确定义的，根据断裂发生的位置产生特定质量。该过程取决于N-聚糖结构的确切性质，因此这些片段的质量允许确定存在于聚糖上的触角结构。表征的最后一步是确定结构中任何连接的立体特异性，其中数据表明可能存在潜在的免疫原性表位。用特定的糖苷外切酶处理聚糖并通过MS暴露前和暴露后进行分析可以通过显示孵育后的质量转移来确认存在α-连接的半乳糖。
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