蛋白质是生命活动的主要执行者，其功能和结构的研究对于理解生命过程、疾病机制以及药物开发具有重要意义。分子相互作用是蛋白质功能与结构研究的核心内容，通过揭示蛋白质与其他分子之间的相互作用，可以深入理解蛋白质的功能机制和结构特点。 1、蛋白质与配体的相互作用是研究蛋白质功能的重要途径。蛋白质往往通过与小分子配体的结合来实现其生物学功能，如酶与底物、受体与信号分子、转运蛋白与底物等。通过研究蛋白质与配体的结合模式、结合位点和结合常数，可以揭示蛋白质的功能机制。
2、蛋白质与蛋白质的相互作用是研究蛋白质功能网络的关键。蛋白质在执行其生物学功能时，往往需要与其他蛋白质形成复合物，通过蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）来实现信号传递、调控机制、组装结构等功能。研究蛋白质之间的相互作用，可以构建蛋白质相互作用网络，揭示生物体内的复杂调控机制。
3、蛋白质与核酸的相互作用是研究基因表达调控的重要手段。蛋白质通过与DNA或RNA的结合，参与基因转录、翻译、复制、修复等过程。研究蛋白质与核酸的相互作用，可以揭示基因表达调控的机制。
4、分子相互作用研究还可以应用于药物开发。通过研究药物分子与靶蛋白的相互作用，可以揭示药物的作用机制，筛选和优化药物候选分子。
利用分子相互作用研究蛋白质功能与结构，是一个多层次、多角度的综合研究方法。通过揭示蛋白质与其他分子之间的相互作用，可以深入理解蛋白质的功能机制和结构特点，为生命科学和医学研究提供重要的理论基础和实践应用。
