FT-IR显微镜（µ-FT-IR）将FT-IR光谱技术与传统光学显微技术相结合。该设备为微小结构的化学分析提供了一种非常精简的“点对点”方法。通常，需要先对样品进行目视检查，然后从中选择感兴趣区，以进行化学分析或鉴定。该技术特别适用于检测一些难以使用传统FT-IR光谱仪来精确分析的小物体，例如，小颗粒、表面薄涂层或单晶。此外，该技术在故障分析中也非常有用，可用于对任何材料进行检查，以寻找极其微小的损伤迹象。因此在任何应用中，需要对小的、薄的或者需精确检测的样品进行分析，FT-IR显微镜均可发挥极大用处。它已成为研究颗粒物、薄膜和涂层的技术——无论这些样品是用于质量控制、故障分析、竞争对手分析还是研究。
显微红外技术在药物方面的应用有哪些呢？
显微红外技术在药片、颗粒、组织切片中的应用非常广泛，例如药品夹杂物的分析、液体药物颗粒的分析、中药材组织切片中相关性分析等。
1、药品夹杂物分析
片剂药物中可能会出现夹杂物或者其它污染物，对后续药物的效果也是有较大影响的，而其中的夹杂物的体积尺寸微小且成分复杂，用常规的显微镜或者红外光谱仪检测就分析效果不好，因此利用显微红外技术就能够帮助实现微小样品或微小区域的高质量图谱分析。
2、液体药物颗粒的分析
液体药物制剂由于分散度大，易引起化学降解、降低药效，因此在药物制备、储存、运输过程中易出现颗粒物质的析出，在对出现颗粒物质的分析对工艺生产过程改善也是及其重要的。FTIR显微红外全自动微粒测试法可以用于液体药物中污染颗粒的检测。例如，在抗体溶液中，使用LUMOSIIFTIR显微红外光谱仪结合高分辨率可视照相机自动获取滤膜的整体图像，并利用布鲁克颗粒查找功能进行分析。
3、中药材组织切片成分分析
中药材的主要药效来源于其中的化学成分，通过对中药材化学成分的研究，可以建立中药材质量标准，从而保证中药材的质量，减少药材中有害成分的出现。例如，用显微红外光谱仪中的ATR模式研究芍药内酯在生白芍和炒白芍中相关性分布等。
如何选择显微红外光谱仪？
1、微小样品或微区样品的尺寸决定探测器的精度来获得高质量的谱图
FT-IR显微镜可使用的探测器有多种，主要分为两个基本类别：单元素探测器和成像探测器。单元素探测器用于研究样品中的特定区域，而成像探测器用于创建化学图像。在此，我们主要来了解单元素探测器。
布鲁克提供红外显微镜单元素探测器有三种：DLaTGS、TE-MCT、LN-MCT。DLaTGS探测器是一种用途极其广泛的探测器，无需冷却即可工作，因而非常易于使用。然而，它们无法为微小样品（或者在使用极小光圈时）创建高质量的光谱。要分析100µm以下的较小区域或较小样品，可使用热电冷却碲化汞镉（TE-MCT）探测器。要分析尺寸为10µm或以下的极小样品，液氮冷却MCTs（LN-MCTs）探测器是好的选择。
2、锗ATR晶体可以提高分辨率
布鲁克的ATR晶体采用的是锗晶体，锗具有（与其他许多ATR材料相比）非常高的折射率。由于它与样品直接接触，因而起到固体浸没透镜的作用。与标准透射检测相比，它将空间分辨率提高了四倍（折射率）。
3、化学成像检测器的选择
FT-IR成像是创建所述空间分辨化学图像的一种方式。这些图像的每个像素都由一个完整的红外光谱组成。布鲁克的显微红外LUMOSII的FPA检测器通过在一次测量中记录1024个红外光谱来加速成像过程。不仅可以加快测量过程，还可以使用峰值空间分辨率进行测量。
