共聚焦显微镜主要用于生物学、基础医学等领域的研究。
共聚焦显微镜可以对活体细胞进行高分辨率成像，观察其形态和结构变化。通过荧光染色技术，可以标记出不同类型的蛋白质、核酸或其他生物大分子，并利用激光扫描成像技术进行三维重建，从而获得更为准确的信息。
共聚焦显微镜是一种高光敏度、高分辨率的仪器，它以激光为光源，通过共聚焦成像扫描系统、电子光学系统和微机图像分析系统组成。其基本原理是光束经聚焦后落在样品(组织厚片或细胞)不同深度的微小一点，并作移动扫描，通过电信号彩色显像，使样品内任何一点的反射光形成的图像被准确地接收下来并产生信号，传递到彩色显示器上，再连接微机图像分析系统进行分析处理。这种技术能够获取细胞内某个薄层面上的荧光信息，而该层以外的信号被消除掉，成像清晰程度大大提高；结合计算机自动控制，可以对荧光信号的分布、强度和动态变化进行分析，得到丰富的信息。共聚焦显微镜具有增强对比度、提高分辨率的优点，能够进行无损伤观察和分析细胞的三维空间结构，并且可以观察固定的细胞、组织切片，以及对活细胞的结构、分子、离子及生命活动进行实时动态观察和检测。
共聚焦显微镜的应用范围广泛，包括但不限于分子生物学、细胞生物学、神经科学和药理学等领域。它能够观察活细胞结构及特定分子、离子的生物学变化，进行定量分析，以及实时定量测定等。此外，共聚焦显微镜还可以用于观察细胞形态及运动变化的相互关系，结合电生理等技术观察细胞生理活动与细胞形态及运动变化的相互关系。由于其应用范围广泛，已成为形态学、分子细胞生物学、神经科学和药理学等研究领域中很重要的研究技术。
