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RAA核酸扩增试剂应用于恒温核酸快速扩增

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2024/10/23 17:17:22

重组酶介导链置换核酸扩增(Recombinase-aid Amplification,RAA),是一种恒温核酸快速扩增技术。RAA是利用从细菌或真菌中获得的重组酶在常温下可与引物DNA紧密结合,形成重组酶/引物复合体,侵入RNA-cDNA双链核酸模板,在侵入位点重组酶将双链打开,同时单链结合蛋白结合到被重组酶打开的单链上,维持双链模板处于开链状态。重组酶/引物复合体开始对双链进行扫描,当引物在模板上搜索到与之完(空)全匹配的互补序列时,重组酶/引物复合体解体,DNA聚合酶结合到引物的3’端,开始合成新链。合成的新链又可以作为模板,最终扩增产物以指数级增长,完成靶标基因的扩增,可用电泳法进行判读。RAA冻干颗粒具有快速、灵敏度高以及特异性强等优点,反应组分已混合并冷冻干燥成核酸扩增试剂,操作简便,易于保存。

检测原理:

RAA冻干颗粒是基于重组酶介导链置换核酸扩增(Recombinase-aid Amplification,RAA)技术开发的恒温核酸扩增检测试剂,在39~42℃恒温条件下特异识别并扩增目标样本的核酸片段,可配合电泳法进行检测判断。

产品用途:

RAA冻干颗粒可应用于核酸DNA 的快速扩增。

储存及有效期:

本产品存储于2~28℃、干燥、避光条件下,有效期为12 个月。

引物设计:

RAA核酸扩增技术对引物设计的要求与常规PCR引物设计有一定的区别。由两条寡核苷酸组成一对引物,分别特异性识别一个核酸目标物的上下游核苷酸序列;引物长度在28-35 nt之间,序列中无回文序列、连续单碱基重复序列和内部二级结构区;引物Tm值不作为设计时主要考虑因素。建议在开展RAA(基础型)扩增反应之前,先进行引物的筛选试验,以便得到较高的检测灵敏度。

探针设计建议方法:探针长度在46-52 nt之间,序列避免回文序列、内部二级结构和连续的重复碱基;探针的5’端用一种抗原标记物标记,通常为FAM基团或羧基荧光素;内部含有碱基核苷酸类似物替换核苷酸(例如四氢呋喃残基THF-有时称为'dSpacer');3’末端有聚合酶延伸阻断基团(例如C3-spacer,磷酸基或双脱氧核苷酸)。如下图所示:

RAA核酸扩增试剂应用于恒温核酸快速扩增

注意:在开始实验前检查探针5’端标记的基团与下游引物5’端标记的基团是否与所用的试纸条相匹配;建议在开展 RAA试纸条型扩增反应之前,先进行引物的筛选试验,以便得到较高的检测灵敏度。

产品说明:

1. 本产品是“Ready to Use”即用型 RAA冻干颗粒;含有除引物所有的反应要素,如重组酶、DNA 聚合酶、逆转录酶、dNTP 、ATP和PEG 35000等。

2. 试剂盒最(空)低检测下限为 10-100copies/测试(依据引物筛选优化程度和检测手段)。

3. RAA试剂,仅扩增DNA。

4. 基础型试剂,适用于电泳法分析条带。

适用仪器:

恒温金属浴、恒温水浴锅。

检测步骤:

1. 核酸样本提取:请参考传统DNA 提取方法或其他同效商品化试剂盒提取DNA样本。

2. 操作步骤

2.1 根据反应数量,按照反应体系配制含有水、上游引物(10 μM)、下游引物(10 μM)的 Mix,混合均匀后加入装有核酸扩增试剂的检测单元管中;

2.2 向检测单元管中加入经步骤1处理得到的待测DNA样本;

2.3 再向检测单元管盖上加入1.5~2.5 μL 的Mg2+,盖上管盖,上下颠倒 轻甩充分混匀5-6次,低速离心10 sec; (注:本步骤“是否充分混匀”将决定实验结果的重复性)

2.4 将检测单元管放入37~40℃ 恒温金属浴(或恒温水浴锅)中,孵育30min。

结果分析与判定:

可以根据琼脂糖电泳、试纸条或荧光法判定实验结果。

注意事项:

1. 试剂条检测,推荐使用免开盖的装置进行试纸条检测,避免气溶胶污染。

2. 开始检测前请仔细阅读本说明书全文,并严格按照要求进行操作。

3.不同类型样品所提取的核酸含量和纯度有差异,可能导致扩增效率不同。

4.当实验室环境、试剂、仪器或配件存在阳性物质(例如质粒、扩增产物等)污染,或样本间存在交叉污染的情况时,会影响检测结果准确性,出现假阳性结果。

5. 务必保证试剂保存、配制或运输得当,否则可能导致试剂检测性能下降,出现假阴性结果。

6. 阳性对照为质粒,适用于评价本试剂核酸扩增性能。

7. 请严格按照基因扩增实验室的管理规范进行操作。 实验结束后,检测过程中所产生的废弃物应按照相关规范进行处理。

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