在气相色谱分析中，基线问题是常见的维护热点。引起气相色谱仪器基线问题的原因多种多样。
在日常的使用中，先从合格和可靠的供应商获取仪器耗材，如钢瓶气、进样垫、衬管等；其次，应当做好耗材的日常维护，包括气体净化装置（除水、除氧和除烃装置）、进样口进样垫（进样隔垫、注射垫）、衬管、O型圈、分流部件（分流平板、毛细柱适配器）、分流捕集阱等的清洗和更换；再则，应当做好色谱柱的老化、FID检测器喷嘴与收集极的清洗，ECD的高温老化等部件维护；再次，应当按照仪器使用说明书正确设置和操作仪器；z后，还应当注意实验室环境应当符合仪器的安装使用要求。
这里讲的是气体管路（载气气路）可能的原因：
在气相色谱中，要将气源、净化器和色谱仪器连接起来，需要使用气体连接管路和相关连接件，气相色谱中使用的用以传输气体的管路的材质多种多样，一般有聚四氟乙烯材质、铜管、不锈钢管路三种。用以连接管路的连接件有两通、三通、四通和O型圈、金属压环/刃环等。
气路连接管带来的问题主要存在于两个方面。
一方面，如果管路清洁程度不够，即使使用高纯度的气源，在气体流经管路的过程中，会将管路表面的污染物带入仪器和色谱柱，导致基线噪声过大、毛刺和杂峰；
另外一方面，如果使用金属管路，金属管路不恰当的切割往往会产生不均匀的末端和毛口，从而形成死体积或者微弱的泄露，例如使用锉刀、剪钳等，这些工具容易产生微粒（锉刀打磨）以及使内外直径变形（剪钳切割），从而造成气路内部阻力的变化、产生微颗粒，使流路内部有异物，严重的结果可能导致气路控制装置（阀、EPC）等损坏。
一般而言由于管路（或者气源等）漏气引起的基线波动多具有规律性，漏气故障常见的原因主要是管路老化、O型圈破损或者管路未拧紧。
注意的是，使用聚四氟乙烯管件时候，氧气和其他污染物可以渗透塑料管，从而会损坏色谱柱和检测器。常规的分析影响不大，如果使用ECD和极性色谱柱时候应当格外注意，尽量避免使用；另外一点就是，气相色谱在降温过程中，尾部会排出热气流，如果塑料管位于热废气或热废气组件的附近，则可能会熔化，应当将将聚四氟乙烯管路远离热源。
