一、光学显微镜观察
凋亡细胞的主要特征为核染色质致密深染，形成致密质块，有时可碎裂。
检测方法：细胞涂片或组织石蜡切片作HE染色或Giemsa染色，在高倍物镜下观察凋亡细胞的形态改变，结合显微测量工具可作凋亡细胞计数。
二、视频时差显微技术
细胞培养中常用，通过相差显微镜可动态观察细胞凋亡的变化过程，尤其是观察细胞表和外形的变化。
检测方法：收集2×10^5细胞/ml培养的细胞，置于多孔培养板，加入凋亡诱导剂，在带有自动摄像装置的相差显微镜下观察凋亡细胞的动态改变，每隔1分钟作序列摄影，连续24小时。如同进行荧光染色，可参荧光晃微镜下观察和摄影。
三、电子显微镜观察
虽然光学显微镜下可以看见胞膜起泡现象和凋亡小体，但凋亡细胞的形态学变化大多发生在超微结构，因此用光镜观察难以令人满意，而透射电镜可清楚地观察到细胞结构在凋亡不同时期的变化。电镜形态学观察是迄今为止判断凋亡经典、可靠的方法，被认为是确定细胞凋亡的金标准。
检测方法：透射电镜标本经戊二醛和饿酸双重固定，丙酮脱水，环氧树脂包埋，超薄切片，醋酸枸椽酸电子又重染色，透射电镜观察。扫描电镜标本经戊二醛和二酸双重固定，乙醇逐级脱水，二氧化碳临界点干燥，真空喷金，扫描电镜观察。
四、流式检测
流式细胞仪检测凋亡细胞是通过检查其光射特征及荧光参数时行的。细胞穿过流式细胞仪的激光束集点时使激光发生散射，分析散射光可以提供细胞大小及结构的信息。散射光包括前向散射光和左向角散射光两种，前向散射光的强度与细胞大小、体积相产，侧向散射光的强度与细胞结构的析射性、颗粒性(granu-larity)有关。
检测方法：获取密度1×10^6细胞/ml左右的细胞悬液，精洗，固定，荧光染料染色，上流式细胞仪分析。
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