一、buffer是干什么的？
PCR buffer（缓冲液）的作用就是给Taq酶提供一个最适的反应条件。一般含有Tris－HCL，Mgcl2+等成分。不同的pcr buffer成分可能不一样。
二、buffer基本组分
1、Tris-HCl：具有良好的缓冲能力和对多种酶的兼容性，在PCR中的主要作用是调节反应体系的pH值，使PCR反应过程维持在一个稳定的ph范围内；为酶反应提供恒定的酸碱环境，保持酶的活性，确保PCR扩增的顺利进行。
2、K+：主要发挥稳定酶活性和参与模板DNA的解链作用。适当的钾离子浓度可以维持Taq酶的活性，从而提高PCR反应的效率；结合到DNA链上的磷酸基团上，中和负电荷，减弱双链复性时的负电荷相斥，稳定引物-模板复合体。
3、NH4+：NH4+以铵离子和氨的形式存在，可以与碱基之间的氢键发生相互作用，使错配碱基间的不稳定的氢键容易断开，在退火时促进引物的特异性结合。
4、Mg2+：和dNTP结合成复合物，作为聚合酶的底物，是聚合酶的激活剂；结合到DNA链上的磷酸基团上，中和负电荷，减弱双链复性时的负电荷相斥，稳定引物-模板复合体。
三、注意
对于 Taq DNA聚合酶，缓冲液的一个常见成分是来自KCl的钾离子（K+)，其可促进引物的吸附。有时，也可使用硫酸铵(NH4)2SO4 代替KCl。铵离子(NH4+)具有去稳定作用，尤其对于错配引物-模板复合物碱基对之间的弱氢键，因此可增强反应特异性。
Mg2+ 浓度过低会降低聚合酶活性，导致PCR产物较少或无PCR产物。另一方面， Mg2+ 浓度过高则会提高引物-模板复合物的稳定性，产生非特异性PCR产物，并增加由dNTP错误插入导致的复制错误。由于NH4+ 与Mg2+具有拮抗效应，因此，在各种 Mg2+ 浓度下，含有(NH4)2SO4 的缓冲液都表现出更高的引物特异性。
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