菌种是指食用菌、工业菌、农用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料。菌种是从事微生物学及生命科学研究的基本材料，在医学领域中，诊断制品的制备，菌苗的生产、微生物致病性研究，药物的抑菌试验及药品微生物检验等都有一套完整的菌种菌种分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）三级。
用于发酵过程作为活细胞催化剂的微生物，包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。来源于自然界大量的微生物，从中经分离并筛选出有用菌种，再加以改良，贮存待用于生产。
菌种的概念
一,菌种的概念 原意是指孢子(相当于植物的种子) ,但在实际生产中,常将经过人工培养的纯菌丝体连同培养基质一同叫做菌种.
二,菌种的类型 在生产中根据菌种的来源,繁殖代数及生产目的,把菌种分为母种,原种和栽培种.分别叫一级种,二级种,三级种.
母种:将纯菌丝体或孢子在试管培养基中繁殖而成.可以繁殖原种,也适宜菌种保藏.
原种:母种菌丝在固体培养基上繁殖而成.这一过程增强菌丝对培养环境的适应性,又起到扩繁的作用.原种可以直接出菇.
栽培种:由原种扩繁而成.主要是为了扩繁,为生产提供足够的菌种.
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