细胞培养基除菌过滤是指用户在配置干粉培养基时，需要对配置完的培养基立即进行除菌过滤，否则会产生沉淀或有微生物污染。培养基通过微孔过滤膜后，杂质和细菌微生物都会被截流在滤膜上。进行整个操作时需要用到专门的培养基除菌过滤装置，该仪器不同于其他过滤产品，有专门的使用场景和用途，所以在结构、原理、配置各方面都有着自身显著特点。
首先，培养基除菌过滤时，需要在细胞房的超净工作台或者生物安全柜操作台面内进行的，非洁净的环境内进行操作，是无法保证过滤过程中，培养基即使通过滤膜，不会受到二次污染。所以相比于其他过滤设备，培养基除菌需要放置在 较高的超净工作台或者生物安全柜的台面内使用，这就对设备的原理和外形尺寸提出了一定的要求。产生负压吸引力的泵必须是无油结构，运行时不产生油污污染、不需要接入水源（一般细胞内无法提供水源）。同时如果机体太大会占用过多的台面空间，过滤时由于前升降玻璃的阻隔，机体太大也不方便倒入滤液。例如L100FS这款专门用于培养基除菌的过滤装置，抛弃了就采用了传统过滤装置抽滤泵和过滤瓶组分离的构造，转而采用了一体式的架构，将抽滤泵和过滤瓶组融合在一个机体内，主机内置了一台小型无油抽滤泵，只需插电即可启动运行。机体一侧带有过滤瓶组放置槽，可以将过滤瓶置于槽内。整机的外形尺寸仅为265×130×210mm，这样的设计使得整台抽滤系统可以放入操作区的台面上，缩小了台面占用空间，同时又便于使用人员直接操控设备的启停等功能。
第二，除了设备的运行原理和外形尺寸，需要满足在超净工作台和生物安全柜的使用需要外，机体还需要满足消毒灭菌的需要。如果机器外壳本身没有消毒，那么会污染其所在的使用环境。L100FS为了满足这方面的应用要求，将机体外壳设计为表面圆滑、没有散热孔的外形。这样就方便于使用酒精喷洒，并进行擦拭。而普通的抽滤泵没有擦拭除菌的需要，机体外壳并不会特意考虑到擦拭的需要，甚至会带有散热孔。如果带有散热孔，再喷洒酒精时，就容易将酒精喷入，可能造成电机短路。
第三，过滤结束后滤液直接流入试剂瓶内保存。这是培养基除菌过滤器材和其他过滤瓶，如砂芯过滤器、布氏漏斗、锥形过滤瓶等重要区别，过滤器的漏斗部分必须采用瓶顶式架构，即过滤器的底部为GL45标准螺纹口，可以直接拧在蓝盖玻璃试剂瓶上，这样通过滤膜的滤液直接进入试剂瓶，过滤结束后取下漏斗，拧上试剂瓶瓶盖，就可以直接保存，不需要倒出，即方便也避免了可能产生的二次污染。L100FS的机体侧面带有一个试剂瓶固定槽，可以直接插入500ml蓝盖试剂瓶，搭配500ml的塑料瓶顶过滤器使用。这样就可以在完成过滤的过程中，同时进行分装。
第四，瓶顶过滤器也需要满足灭菌要求。 由于瓶顶过滤器采用塑料材质制作，并不是所有的塑料材质都能耐受121高温高压灭菌的消毒要求，所以用户在选购时应当注意瓶顶过滤器的耐温性能。
