流式细胞仪主要由流路系统、光学系统和电气系统三部分组成。流道系统具有接收样品并将其流入流通池的功能，激光束从由光源、透镜、滤光器和检测器组成的光学系统施加到流通池，产生光光电流。
然后，该系统检测细胞发出的荧光，并使用电气系统对其进行分析。流路系统由管道、阀门和泵组成，用于将样品中漂浮的荧光标记细胞排列在一条线上进行分析。
当激光穿过细胞的被称为询问点的部分时，光被散射，同时通过激发与细胞结合的荧光染料而发射荧光，并且该散射光和荧光被装置检测。它作为一个信号。散射光有两种类型：前向散射光信号（FS）和侧向散射光信号（SS）。
使用不同的检测器检测FS和SS，FS反映细胞大小，SS反映细胞内结构。检测到的信号在电子系统中转换成数据，最终可以由软件解释。
