ATAC-seq与RNA-seq联合分析，可以获得生物体的转录调控机制。通过ATAC-seq获得细胞在某一特定时空侠染色质展开区域的信息，可用于检测在该条件下发生转录的基因及顺式作用元件。通过RNA-seq技术可获得细胞在该特定时空下所有转录本信息。将两者数据相整合，则可以推断相关基因上游的顺式调控序列，宏观分析细胞在特定时空下整个基因组的调控网络。同时ATAC-seq数据可以更好的支撑RNA-seq数据，更为精确地探索基因高表达和低表达的转录调控机制。这一策略广泛应用于不同类型的细胞分化，肿瘤发生发展以及胚胎发育等生物学研究过程。
示例：Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes
本篇文章中，作者利用ATAC-seq检测人a和β细胞中开放的染色质区域。将这些开放性染色质图谱与已分类的人类α和β细胞的mRNA-seq数据进行关联，以识别可能负责调控细胞类型特异性表达特征基因的顺式调控元件。
ATAC-seq和CUT＆Tag联合分析
ATAC-seq和CUT＆Tag联合分析，可以对ATAC-seq得到的一些转录因子结合区进行验证。从ATAC-seq我们可以了解到染色质的可接近性的动态变化，由于由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关，在转录调控中发挥着重要的作用。CUT＆Tag整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子（包括顺式调控元件和转录因子），以及哪个转录因子调控了感兴趣的基因，以及感兴趣的转录因子的靶基因等。示例：The phosphatase PAC1 acts as a T cell suppressor and attenuates host antitumor immunity
在本篇文章中，作者通过对肿瘤微环境中的炎症因子和代谢物进行系统分析，发现肿瘤产生的超氧化物ROS可以维持周围浸润T淋巴细胞中PAC1基因的高表达。PAC1通过募集核小体重构和去乙酰化（NuRD）复合体，降低染色质开放性（ATAC-seq实验）、组蛋白乙酰化、CHD4与DNA的结合能力（CUT＆Tag实验），特异性抑制T淋巴细胞防御功能，最终导致T细胞衰竭和癌症免疫逃逸。
ARTICLE
The landscape of accessible chromatin in
mammalian preimplantation embryos
该研究通过将ATAC-seq与CRISPR／Cas9 辅助线粒体去除技术相结合，绘制出了小鼠着床前胚胎中全基因组易接近染色质图谱。通过将ATAC-seq鉴定出的顺式调控元件和单细胞转录组图谱相整合，构建出了早期发育的调控网络，帮助确定了一些重要的谱系专向分化调控因子。发现在小鼠胚胎发育的不同阶段，被激活的基因的启动子区域均处于开放状态。最后，该研究提出在主要合子基因组激活之前一些顺式调控元件及相关开放染色质的活性下降。总体看来，这些研究数据揭示出了伴随早期哺乳动物发育的一些与众不同的时空染色质结构和基因表达模式。由此可见，多组学联合分析在研究胚胎发育和细胞分化方面具有广阔的发展前景。
Combining ATAC-seq with nuclei sorting for discovery
of cis-regulatory regions in plant genomes
Zefu Lu',Brigitte T. Hofmeister2,Christopher Vollmers3, Rebecca M. DuBois3 and Robert J.Schmitz
为了探究可接近区域的生物学功能，该研究鉴定了拟南芥整株幼苗（Col-0 50000seedling replicate 1）和根（Col-0 50000 root replicate 1）的组织特异性区域，进而在TSS上游1kb的peak中和基因区找出1265个整株幼苗特异性基因和808个根特异性基因。对这些基因进行GO 功能分析，发现幼苗特异性基因主要与光合作用有关，而根特异性基因主要与环境应激有关，这与不同组织的主要功能一致。同时为了探究FANS-ATAC-seq是否也可以用来检测TF-binding位点，研究者比较了已发表的7个转录因子的ChIP-seq 数据与FANS-ATAC-seq结果，结果显示大部分的ChIP-seq peak 与可接近区域相关。这表明，FANS-ATAC-seq是寻找基因组范围的DNA-TF 互作的一种有效手段12］。
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