浮游菌采样仪的工作原理主要基于颗粒撞击原理和等速采样理论。当带有微生物颗粒的空气流经采样器的微孔时，微生物颗粒因惯性作用撞击到微孔的内表面并被捕获，从而实现了对浮游菌的采集。同时，采样器口的风速与周围环境中的风速基本一致，保证了采集到的样本能更准确地反映环境中微生物的实际浓度水平。
浮游菌采样仪广泛应用于各种需要监测和控制空气中微生物污染的场合，在使用的时候，需要注意以下几点：
1、测试环境准备：被测试洁净室的温、湿度须达到规定的要求；静压差、换气次数、空气流速须控制在规定值内。对单向流测试应在净化空调系统正常运行不少于10分钟后开始，非单向流不少于30分钟后开始。静态测试时，室内人员不多于2人，采样时测试人员应在采样口下风侧。
2、操作规范：测试人员应按无菌操作规程进行，采取一切措施防止采样口的污染和其它人为对样本的污染。测试人员须穿戴符合洁净级别的洁净服。浮游菌测试前，被测洁净室及采样器均应已经过消毒。
3、采样操作：取下采样头，将培养皿放置在支撑支架上，安装好采样头。启动仪器后进入采样界面，点击开始采样即可。采样结束后会有提示。
此外，为确保浮游菌采样仪的长期稳定运行和采样精度，需要定期对设备进行维护和保养。这包括清洗采样头、检查电源和气源连接情况、校准仪器精度等工作。同时，还应注意避免设备受到撞击或振动等不良影响。
