显微镜用数码摄像头主要从以下几个方面进行衡量：民用数码相机还是显微镜数码摄像头；CCD还是CMOS芯片；像素值高低；色彩还原性；图像传输及采集速度。
一、民用数码相机还是显微镜数码摄像头。
1、成像效果：民用数码相机由于自身带有镜头，而该镜头并非专为显微镜设计，所以所拍比较容易出现畸变：显微镜数码摄像头是直接通过C型口与显微镜连接，所拍照片无畸变或畸变小。
2、操作性，民用数码相机操作较麻烦，显微镜数码摄像头由于一般配有操作软件，操作比较方便。
3、定倍：民用数码相机由于自身带有变焦系统，不好定倍或定倍不准，显微镜数码摄像头为直接连接显微镜，定倍方便而且准确；这对于需要知道倍数或准确叠印标尺的用户非常重要。
4、价格：同等芯片（CCD/CMOS）及像素值的情况下，民用相机价格远低于显微镜数码摄像头。
二、CCD还是CMOS芯片：1、图像像质：CCD优于CMOS； 2、传播速度：CMOS较CCD快；3、色彩还原性：CCD远优于CMOS；4、价格：CCD较CMOS高。
三、像素值高低：
像素当然是越高越好，但要注意厂家所提供的像素值是物理像素值还是通过软件处理后的像素值，一般来讲，现在的主流的民用数码相机的像素值都在1000万以上，而显微镜数码摄像头主流的一般在500万左右，1000万以上的就非常贵了，这其中的原因是民用相机生产量大，有规模效益，所以价格能下来，而显微镜数码摄像头由于产量有限，无规模效益，所以价格偏高，但显微镜数码摄像头更适合用于显微摄影。另外，选择摄像头一定要根据自己的实际情况来选择，除了像素值，也应了解芯片的种类。
四、色彩还原性：
这是大家比较容易忽略但却很重要的一个因素，一般来讲，CCD的色彩还原性好于CMOS，但如果对色彩还原特别在意，应该选择CCD，但CCD的价格奇贵。
五、图像传输及采集速度：
图像的传播速度既取决于数码摄像头本身，也取决于所用电脑的配置，一般来讲像素值超过1000万的显微镜数码摄像头，厂家一般会配上一块图像加速卡来提高传播和采集速度，比如OLYMPUS的DP70/71/72系列就采用的这种方式，不仅像素值达到1280万像素，而且传播和采集图像的速度也非常快。
