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游离核酸微量DNA样本的检测

上海科鉴生物科技有限公司

2013/4/2 9:08:27

近年来,DNA分析技术广泛应用于医学、法学、环境等诸多领域,成为科学研究的一大重点。例如产前诊断及法医检测等首*行微量DNA 提取,然后进行PCR扩增验证,也有一些研究单位会对一些古老样本进行DNA提取,同样做PCR扩增验证。它们的相同之处在于,用于分析的样本DNA含量可能极其有限,稍有遗损就可能导致无法成功检测或者没有足够的样本DNA来满足再次检测的需要。因此如何对获得的极其微量的DNA样本进行准确的定量,成为目前相关学科关注的热点之一。

然而目前微量DNA的检测方法灵敏度都不是很高,有些仪器虽然检测时DNA样本量很少,一般2μl左右,但是当DNA样本浓度低于10ng/μl时,其检测数据就会出现较大误差。而由此导致的PCR扩增失败,就会对DNA样本造成损失,甚至导致样本枯竭。因此开发一种经济、简便、快速的检测手段显得十分重要与迫切。北京百泰克生物技术有限公司开发的pgDetect微量核酸检测系统可以对浓度在1ng/ul以下的样本进行检测。pgDetect微量核酸检测系统的检测灵敏度为5pg/μl,采用工业级CCD摄像机,有配套定量分析软件;而DNA样本用量仅需1-2μl。

pgDetect微量核酸检测系统采用一种新型的dsDNA染料-Picogreen来进行检测,其检测灵敏度高,可检测到pg级DNA;检测范围宽,可跨越4个数量级;特异性好,基本不受ssDNA和RNA的影响,并且可以耐受一定浓度的盐、尿素、乙醇、氯仿、去垢剂、蛋白等干扰。目前使用Picogreen染料定量检测DNA已经广泛用于生物学检测,并被2010年版《中华人民共和国药典》选为药物残留DNA定量方法,本仪器的设计原理是通过在DNA溶液中加入Picogreen,使之发光,然后通过CCD相机捕捉光强度,zui后用pgDetect软件进行浓度分析。

其操作步骤如下:

1 准备试验样品及已知浓度的双链DNA,染料用Picogreen核酸染料.

2 标准品的浓度自行调整,一般双链DNA的终浓度在10-2000 pg/μL的条件下,可以得到好的线性关系。将标准品稀释至浓度为:1600,800,400,200,100,50,25 pg/μL及用于稀释标准品dsDNA的蒸馏水做空白对照,作为对标准品的浓度检测为例。

3 在透明管内进行操作,如可以使用PCR管或八连管等。将标准品与Picogreen核酸染料等体积混匀(如2 μL dsDNA溶液与2 μL Picogreen核酸染料混匀)此时标准品dsDNA的终浓度为800,400,200,100,50,25,12.5,0 pg/μL,同时取待测样品2μL与2μL Picogreen核酸染料混匀。试验操作完毕后,将反应管放在透射仪的蓝色显色板上,盖上暗箱,打开电源观测。此操作也可在蓝色板上铺一层透保鲜膜,将样品和染料直接点到保鲜膜上,这样透光更好,更有利于观察。

4 DNA浓度分析:打开软件,输入标准DNA的浓度,将鼠标移至待测样品,鼠标自动出现读数,该读数的zui大值为待测样本的浓度。

应用实例

北京大学的罗教授,在做古老动物分类方面的研究,经常要提取一些保存了上百年甚至更长的动物组织的DNA,如骨头,皮毛等。这些样品多是从博物馆中借的,非常珍贵。但是由于样品存放时间过长,导致其中大部分的DNA都已降解,只有少量DNA残留。这样在提取时一般只能获得很微量的DNA,提取DNA后要做PCR扩增保守序列然后再测序进行序列分析。但是由于缺乏微量DNA的检测手段,因此无法控制在PCR反应时模板DNA的加量,从而导致PCR失败,浪费了甚至比金子更珍贵的材料。在采用了百泰克生物技术有限公司的pgDetect微量核酸检测系统后,该仪器检测到37pg/μL的DNA浓度,达到了实验室对DNA浓度的需求,从而可加入比较准确的模板DNA量,为PCR反应提供了支持。

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