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        与5-mC相似，5-hmC在亚硫酸氢盐处理后也不转化成尿嘧啶，而是转化成5-亚甲基磺酸胞嘧啶，故我们常用的甲基化检测方法无法区分5-mC和5-hmC， 5-hmC 在基因组中以低频率存在，这就需要高度灵敏的检测技术。

        所以 5-hmC的检测颇具挑战性，不过之后的研究发现，基于抗体的富集方法可能有用，因为5-mC的抗体不能识别5-hmC。随后就出现了了5-hmC的抗体及相关产品。

        羟甲基化DNA免疫沉淀就是一种基于抗体的富集技术，它利用抗体来选择性富集包含5-hmC的单链和双链DN片段。随后此抗体/DNA复合物被pull down，从而实现了5-hmC的富集。hMeDIP试剂盒使用了高度特异的5-hmC抗体，能区分5-mC和5-hmC，并检测CpG和非CpG位置的甲基化DNA。磁珠的使用使得捕获相当快速。

        此外，hMeDIP试剂盒还能与MeDIP试剂盒平行使用，以比较DNA甲基化模式。去年研究人员就曾利用这种方法，绘制出*张人胚胎干细胞中5-hmC的基因组分布图3。他们使用了hmeDIP-seq技术，即先开展羟甲基DNA免疫沉淀，之后在Illumina的Genome Analyzer平台上进行大规模并行测序。也有研究人员认为，抗体能特异检测5-hmC，但若是多个修饰集中在一起，则效果更佳，因为抗体与5-hmC的亲和力相对较弱。