在进行氧含量分析尤其是微量氧分析时，由于空气中氧含量高达21％O2，故而如果处理不当极易造成对样品的污染和干扰，出现分析结果数据不正确。其主要原因是氧气微氧分析仪操作不当造成。以下几点影响氧气微氧分析仪测定的因素。
1．泄漏。氧气微氧分析仪在初次启用前必须严格检漏。氧气微氧分析仪只有在严密不漏的前提下才能获得准确的数据结果。任何连接点，焊点，阀门等处的不严密，将会导致空气中的氧反渗进入管道及氧分析仪内部，从而得出含氧量偏高的结果。
2．污染。在重新使用氧气微氧分析仪时，首先须注意在连接氧分析仪的取样管路时是否漏入空气，并且必须认真将漏入氧气微氧分析仪的空气吹除干净，尽量不使大量氧气通过氧气微氧分析仪的传感器以延长传感器寿命。在管道系统净化过程中，为缩短净化时间，需要有一定的方法，一般使用高压放气及小流量吹除交替进行可迅速净化氧气微氧分析仪管道。
3．管道材质的选择。氧气微氧分析仪管道材质及表面粗糙度也将影响样气中氧含量的变化。一般不宜用塑料管，橡胶管等作为连接管路。氧气微氧分析仪通常选用铜管或不锈钢管，对超微量分析（指＜0.1ppm）则必须用抛光过的不锈钢管。
4．气路系统的简化及洁净。氧气微氧分析仪微量分析要求必须有效排除气路上的各种管件，阀门，表头等中的死角对样气造成的污染。因此，应尽可能简化氧气微氧分析仪气路系统，选用死角小的连接件等。并且，避免使用水封，油封及腊封等设备，防止溶解氧逸出造成污染，更需避免在样气引出至氧气微氧分析仪进口的管线上增加易造成污染的净化设备等。只有这样才能保证系统洁净，所得数据准确。
