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2014/2/21 7:22:02(一)试剂:
菌株(E.coli );蛋白酶k(20mg/ml);琼脂糖;标准DNA水解液
1.10%SDS
2.酚/氯仿/异戊醇(1/1/1)
3.异丙醇;70%乙醇
4.LB培养基:蛋白胨10g,酵母粉5g,NaCl 10g加蒸馏水至1升,然后灭菌备用。
5.TE缓冲液:10mM Tris• HCl,0.1mM EDTA (pH8.0)。
6. CTAB/NaCl溶液(5% w/v):5g CTAB 溶于100ml 0.5M NaCl溶液中,需要加热到65℃使之溶解,然后室温保存。
7.TAE缓冲液(50×)(pH8.0):每升溶液中含有242g Tris,57.1ml 冰乙酸,100ml 0.5mol/L EDTA。电泳时稀释成1× 浓度使用。
8.溴酚兰-甘油指示剂:先配制0.1%溴酚兰水溶液,然后取1份0.1%溴酚兰溶液与等体积的甘油混合即成
9.0.5μg/ml 溴乙啶染液:称取5mg溴乙啶,用重蒸水溶解定容到10ml,取1ml此溶液用1xTAE缓冲液稀释到1升,zui终浓度为0.5μg/ml。
(二)器材:
锥形瓶(250ml),1.5ml 离心管,水浴锅,离心机,电泳槽,电泳仪,摇床,移液枪,洁净工作台,电磁炉,紫外成像仪
【实验方法】
(一)细菌总DNA的提取
1.将菌株接种于液体LB培养基,37℃震荡培养。
2.取1.5ml培养物12000rpm离心2min。
3.沉淀物加入567μl的TE缓冲液,反复吹打使之重新悬浮,加入30μl 10%SDS和15μl的蛋白酶K,混匀,于37℃温育1h.
4.加入100μl 5mol/L NaCl,充分混匀,再加入80μl CTAB/NaCl溶液,混匀后再65℃温育10min。
5.加入等体积的酚/氯仿/异戊醇混匀,离心4-5min,将上清转入一只新管中,加入0.6-0.8倍体积的异丙醇,轻轻混合直到DNA沉淀下来,沉淀可稍加离心。
6.沉淀用1ml的70%乙醇洗涤后,离心弃乙醇,在洁净工作台中稍加干燥,重溶于20μl TE缓冲液(含RNaseA-25ng/ml)中,准备电泳检测。
(二)琼脂糖凝胶电泳
1.制胶:称取琼脂糖粉末,置于三角瓶中,加入TAE缓冲液配成0.8%的浓度,加热使琼脂糖全部融化于缓冲液中,待溶液温度降至65℃时,立即倒入制胶槽中,插入样品梳。在室温放置0.5-1h,待凝胶全部凝结后,轻轻拔出样品梳。然后在电泳槽中加入电泳缓冲液直到没过凝胶为止。
2.加样:取0.5-1μg 左右的样品,体积为10-20μl,加入1/4体积的溴酚兰-甘油指示剂,混匀后小心地加到样品槽中。同时另取一个已知分子量的标准DNA水解液,在同一凝胶板上进行电泳。
3.电泳:维持恒压100V,电泳0.5-1h,直到溴酚兰指示剂移动到凝胶底部,停止电泳。
4.染色:
将凝胶取出后浸入0.5mg/ml 溴乙啶溶液中,染色0.5-1h。染液可反复多次使用。
5.观察:
将凝胶板置于254nm波长紫外灯下进行观察。DNA存在的位置呈现橙黄色荧光。
【注意事项】
1.溴乙啶有毒,配制和使用溶液时要戴手套,勿将溶液滴洒在台面或地面上。溴乙啶溶液于室温保存在棕色瓶中。
2.倒凝胶板时不要太厚,否则影响电泳效果。