在显微镜下，由于某些物质的光学特性，普通正置显微镜不能看清楚其内部结构，而其拥有另外一种特性，比如细胞中有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光；另有一些物质本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光，利用这种物质的光学特性，研发出了专业的显微显示设备，即荧光显微镜。荧光显微镜就是对这类物质进行定性和定量研究的工具。荧光显微镜的准确定义是指选择由高压汞灯或类似光源发出的一定波长的激发光，激发细胞中某些被荧光染料标记的物质发射荧光，观察细胞某种特异成分的分布状态的显微镜。也可进行半定量测定。荧光显微镜就是对这类物质进行定性和定量研究的工具之一。
显微镜照明光路系统的调整是为了使显微镜的视野能受到均匀而又充分的照明，在显微镜初次安装和调试时，就必须把照明光路系统调整好，这是正确使用显微镜，并获得正确、可靠结果的重要手段和zui基本的要求。此外，正确掌握照明光路系统的调整，是使用显微镜过程中更换光源灯泡后所必经的步骤，也是在日常使用过程中不时地检验显微镜性能的必要手段。荧光显微镜和普通显微镜有以下的区别：
1.照明方式通常为落射式，即光源通过物镜投射于样品上；
2.光源为紫外光，波长较短，分辨力高于普通显微镜；
3.有两个特殊的滤光片，光源前的用以滤除可见光，目镜和物镜之间的用于滤除紫外线，用以保护人目。
荧光显微镜也是光学显微镜的一种，主要的区别是二者的激发波长不同。由此决定了荧光显微镜与普通光学显微镜结构和使用方法上的不同。
荧光显微镜是免疫荧光细胞化学的基本工具。它是由光源、滤板系统和光学系统等主要部件组成。是利用一定波长的光激发标本发射荧光，通过物镜和目镜系统放大以观察标本的荧光图像。其被广泛的运用在生物学、医药研究领域。
