兽药多残留检测近年来在上得到高度重视，我国于2006年发布了25项动物源性食品中118种兽药残留检测方法的国家标准，其中18项属于多残留分析方法，均用LC-MS-MS。兽药和渔药大致可分15类，检测的方法和仪器分述如下：
| 检测项目 | 检测所需仪器 |
| 检测β—内酰胺类抗生素残留 | 绝大多数采用HPLC，残留物的确证靠LC-MS和LC-MS-MS，取代了以往曾使用过的GC-MS仪器和方法。 |
| 检测氨基糖苷类抗生素残留 | 除了庆大霉素可用GC-ECD仪器检测外，绝大多数该类抗生素残留检测靠HPLC-FLD。LC-MS-MS主要用于牛奶样品中抗生素残留的确证。 |
| 检测大环内酯抗生素残留 | 曾用薄层色谱（TLC）和GC检测，现今已被HPLC替换了。部份可用GC-MS检测和确认，但绝大多数需用LC-MS-MS检测和确证。 |
| 检测四环素族抗生素残留 | 采用杯碟法准确、经济，但无法分辨结构，所以当今均采用杯碟筛选出阳性样品，再用HPLC和LC-MS-MS确证。 |
| 检测胺苯醇类抗生素残留 | 可用GC-ECD和酶标仪（ELISA）检测。用GC-MS（NCI）GC-MS-MS、HPLC-MS-MS 确证。 |
| 检测磺胺类残留 | 可用微生物抑制法筛选，用酶标仪配合试剂盒检测,但用的多的还是HPLC-UV/FID、GC-MS、HPLC-MS和HPLC-MS-MS。 |
| 检测喹喏酮类残留 | 尽管曾用过TLC仪和荧光光谱仪（FID）及GC-MS仪，但目前一般都用HPLC-FID/UV、HPLC-MS和HPLC-MS-MS仪进行定性和定量。 |
| 检测硝基咪唑类残留 | 虽然可用GC-NPD和GC-MS（NCI）检测，但是大多还是靠HPLC-UV和HPLC-MS-MS检测和确证。 |
| 检测硝基呋喃类残留 | 以前用HPLC-UV仪检测，因灵敏度不高，且不能定性，所以现已改用HPLC-MS和HPLC-MS-MS。 |
| 检测激素与其他生长促进剂残留 | 可用HPLC-UV检测，但灵敏度低，当今已改用GC-MS和GC-MS-MS，并进一步过渡到采用HPLC-MS，甚至HPLC-MS-MS。 |
| 检测甲状腺抑制剂残留 | 常用HPLC和TLC，并进一步过渡到采用GC-MS和HPLC-MS。 |
| 检测β-受体激动剂残留 | 常用HPLC-UV/FLD/PAD/电化学检测器，也可用GC-MS、毛细管电泳仪（CE）和HPLC-MS及HPLC-MS-MS。 |
| 检测驱虫药残留 | 主要靠HPLC-UV/FLD和HPLC-MS及HPLC-MS-MS。 |
| 检测镇静剂类残留 | 可采用的仪器比较多，包括HPLC、GC、TLC、GC-MS和HPLC-MS以及ELISA。 |
| 检测染料类残留 | 可采用UV、GC-MS、HPLC和HPLC-MS-MS。 |
综上所述，参考AOAC、CAC、欧盟、日本和我国的国标，显然兽药残留检测的仪器设备比农药残留检测的仪器挡次更高。上述色谱仪和色/质联用仪的主要生产厂家：
（a）GC、GC-MS、GC-MS-MS的国外生产厂家有Agilent、Shimazu、Thermo、Perkinelmer 、Varian等；国内主要生产厂家有，北京东西电子、上海精科、天美和北分等，但尚无GC-MS-MS国产品。
（b） HPLC、HPLC-MS、HPLC-MS-MS的国外生产厂家有waters、Thermo、ABI，Agilent、Shimazu、Perkelmer 、Dionex、Varian等；国内仅能生产HPLC，主要厂家有北京东西电子、北分、上海精科、伍丰、浙江温岭、大连依利特等。
