按微生物学质量控制的程度或根据微生物净化程度分类，可分为五类：
（1）普通动物（conventional animals）：亦称一级动物，在微生物学控制上要求zui低的动物，它要求不携带人畜共患病和动物烈性传染病的病原。因价格低，故教学实验中常用之。
（2）清洁动物（clean animals）：亦称二级动物，除普通动物应排除的病原外，不携带对动物危害大和对科学研究干扰大的病原。
（3）无特殊病原体动物（specific pathogen free animals）：亦称三级动物，是指动物体内无特定的微生物和寄生虫存在，但带有非特定的微生物和寄生虫的动物。此类动物应排除一、二级动物所排除的病原外，不携带主要潜在感染或条件致病和对科研实验干扰大的病原。
（4）无菌动物（germ free animals）：是指在动物体内外的任何部位都检不出一切生命体的动物。这类动物系在无菌条件下剖宫产出，又饲养在无菌、恒温、恒湿的条件下，食品饮料等全部无菌。
（5）悉生动物 （gnotobiotes animals）：是指机体内带着已知微生物的动物。此种动物原是无菌动物，系人为将微生物丛投给其体内，例如使大肠杆菌定居在无菌小鼠体内，在进行微生物检查时仅能检出大肠杆菌。
依据GB14922-2001《实验动物微生物学等级及监测》划分的实验动物等级，并与寄生虫学等级对应，将实验小鼠和大鼠的微生物等级分为清洁级、无特定病原体级（SPF）和无菌级三个级别，普通级的实验小鼠和大鼠原则上不再使用；豚鼠、地鼠和兔分为普通级、清洁级、SPF级和无菌级四个级别。犬和猴分为普通级和SPF级二个级别。
