现代的用气相色谱仪(*：泽铭）大都是即可做填充柱气相色谱又可进行毛细管气相色谱的色谱仪，在仪器设计上考虑了毛细管气相色谱仪(*：泽铭）的特殊要求。毛细管气相色谱仪的进样系统和填充柱气相色谱有较大的差别：
1 气源和流量控制
这一部分的部件和填充柱色谱仪没有太大的区别，只是由于毛细管气相色谱要求的载气流量比填充柱小得多，如不用分流进样，则柱前压较小，流量指示部件的树脂也较低，对控制和检测部件的要求高，所以早期的毛细管色谱多用分流进样。目前的仪器多采用电子压力控制系统。
2 进样系统
毛细管气相色谱仪的进样系统和填充柱色谱仪有较大的差别，为了肯发毛细管气相色谱在分流进样中带来的歧视现象，研究了多种进样方法和设备，如分流/不分流进样系统；保留间隙进样系统；程序升温进样系统。
3 色谱柱系统
这一系统包括色谱柱柱箱，柱接头和色谱柱。柱箱和填充柱色谱仪的没有什么区别，柱接头是连接进样系统的，要比填充柱色谱复杂一些。
4 检测系统
毛细管气相色谱可使用各种检测器，常用主要的是FID，也可以和微型TCD、ECD、FPD及TID相匹配。但是要和毛细管气相色谱仪匹配，检测器的死体积要尽可能的小。
5 记录和数据处理系统
毛细管气相色谱的出峰时间短，有时候不到1s，因为毛细管气相色谱的柱效高，峰形尖锐，区域宽度小，出峰时间有时很快，所以记录仪的响应随度要快。
