1. 新笔的笔尖上没有油，*次使用时，须先把笔尖靠在玻璃上将笔筒往下轻压(不能过重以防油过多流出)，使得笔筒内的油流出，湿润笔尖，即可正常使用。
2. 石蜡组织切片的画圈：切片脱蜡水化，PBS冲洗，甩干PBS液，在组织片周围画圈，油圈距离组织片边缘2-3mm；在使用实验用免疫组化笔画线之前，先用吸水纸将切片周围擦干。所画的圈应在室温下干燥1-2分钟后再进行下一步操作流程。如果需要使用胰蛋白酶或其它蛋白酶消化或者进行抗原热修复处理切片，应待这些步骤完成后再使用实验用免疫组化笔。
3. 冰冻切片的画圈：将载玻片清洗干净，用防脱片剂(如Poly-L-Lysine或APES)防脱处理，切片、贴片，PBS浸洗组织片，甩干PBS液，在组织片周围画圈，画圈距离组织边缘2-3mm；在使用实验用免疫组化笔画线之前，先用吸水纸将切片周围擦干。所画的圈应在室温下干燥1-2分钟后再进行下一步操作流程。如果需要使用胰蛋白酶或其它蛋白酶消化或者进行抗原热修复处理切片，应待这些步骤完成后再使用实验用免疫组化笔。
4. 细胞培养皿培养玻片的画圈：以PBS清洗培养皿内培养玻片上的细胞后，倾去PBS缓冲液，用实验用免疫组化笔直接画于培养皿培养玻片的细胞培养面。在使用实验用免疫组化笔画线之前，先用吸水纸将切片周围擦干。所画的圈应在室温下干燥1-2分钟后再进行下一步操作流程。一次性细胞培养皿染色结束后不宜用二甲苯透明（可重复使用的玻璃材质的培养皿或玻璃材质的培养玻片可以），可用甘油类或水溶性封片剂直接滴加于染色的细胞上，再行封片。
