医用灭菌器用于医疗之中，只有固体装载的需求，例如各种医用器械、设备，或者纱布、棉花等纤维织物，而实验室灭菌器的使用目的中，既有灭菌液体的要求，也有灭菌固体的要求，对固体同时也有要求干燥的需要。因此，实验室灭菌器需要固体和液体都能进行处理；而医用只需要处理固体。
（一）医用、实验室灭菌器处理固体的操作
当灭菌器只需要处理固体时，其降温过程非常简单，只需要打开排气阀，将腔内蒸汽快速释放到排汽管道当中，腔内压力快速下降，排出的蒸汽即带来降压，同时也带走了热量。当腔体内外压力平衡后，腔门就可以开启。的设备会在腔内外压力平衡后采用真空泵抽取腔内剩余汽体，用负压的方式确保灭菌装载物可以快速和*的干燥并进一步降温。
（二）实验室灭菌器处理液体的操作
而灭菌器处理液体时，情况将变得复杂。通常的液体灭菌温度在121℃，而在自然压力下，121度的水溶液应当早已经蒸发为水蒸气了；因此液体能够维持在121℃同时保持液态的*原因，就是装载物所处于的环境是高压状态。如果像固体灭菌器一样在灭菌结束后快速排汽，液体就会快速蒸发，我们称之为“爆沸”，液体将冲破容器，洒落到腔体的任何部位。
因此，只有实验室用的灭菌器才需要处理液体灭菌，而液体灭菌有如下三种解决办法。
1、自然冷却法：
当采用固体灭菌器（医用灭菌器）时偶尔需要进行液体灭菌时，可以采用液体灭菌的特别程序，进行自然冷却。
（1）灭菌结束时，腔内还是高温高压，机器关闭排汽阀和进汽阀；让整个机器自然冷却。
（2）灭菌器装载的液体向灭菌器内的汽体传导热量，汽体再将热量传导给腔体，腔体再传导给夹层或者夹套，夹层向机器外部空间的气体传导热量；通过加热机器房间内空气的同时，灭菌器的温度也可以缓慢下降。
（3）由于温度下降缓慢，因此充满腔体的蒸汽的压力也缓慢下降，避免液体出现爆沸。
这个方法非常节约直接成本，因为机器没有任何的特殊设置，只要控制器设置特别的液体程序就可以了。但是对于长期进行液体灭菌的设备来说，这不是一个便宜的解决方法。
2、夹套（夹层）水冷法：
夹套冷却是液体灭菌中较为常用的配置方法。在液体灭菌结束后，空压机向腔内注入压缩空气，同时将冷水注入夹套，在夹套中带走腔体热量后，冷水变成热水排出到室外；热能被水带走，不会向安装灭菌器的操作空间和工作空间排放，即保证在相同空间中的其它设备和组件的寿命，也保障了相同工作空间人员的工作舒适程度。夹套冷却法对设备也提出了其它额外的条件和要求：
（1）由于冷水进入夹套后，会导致腔体和夹套两个材料迅速的热胀冷缩效应。一般的灭菌器都采用腔体316L材质不锈钢，夹套304材质不锈钢；而这两个材质的热胀冷缩比率不一样，快速的温度变化会导致腔体和夹套产生巨大的内应力，导致腔体变形甚至破损；因此采用夹套水冷的液体灭菌器，都必须要求腔体和夹套采用相同材料。而把夹套升级为316L不锈钢会导致产品的成本明显的上升。
（2）同时需要考虑的是冷却水的结垢问题。由于腔体和夹套间是焊接固定的，就是说如果冷却水采用自来水等普通能够结垢的水，腔体夹层间的结垢会导致*性的损害，结垢无法在不破坏腔体的情况下清除；因此夹层冷却要求冷却水是纯水（R.O.水，反渗水，脱盐水）。在中大型设备中，冷却水的用量略等于腔体容积；因此每个600升灭菌器的灭菌循环要消耗600升的纯水，这不单增加了纯水机的要求（大流量，高精度），同时也增加了水的消耗费用。
3、腔内冷却法：
对液体灭菌的装载物进行降温的第三种方法，是腔内冷却法。
（1）在方形腔体的两侧垂直腔壁内侧以回型结构布置冷却管路，管路的两头通过螺纹连接于穿透夹套和腔壁的水管接口。
（2）液体灭菌结束后，压缩空气被注入腔体，同时腔内冷却管路注入冷水，冷水在回型结构的管路中进行热交换，将腔内蒸汽冷凝成水，并带走热能排放到室外；
（3）压缩空气维持了腔内高压，因此液体不会蒸发和爆沸。
（4）而回型的冷却管路是可以拆卸的，因此不怕结垢；使用普通的自来水就可以进行这个冷却工作，不需要大型的水处理装置，也节省了在用水上的消耗。
（5）同时，热被自来水带走到室外排放，机器不会加热室内空气，不增加室内温度和空调的工作量。
（6）由于降温只作用于腔内，夹套（夹层）没有冷却，因此机器再次使用时可以迅速升温并节约加热的能源。
（7）由于不需要腔体向空气中传导热量来降温，因此腔体是被隔热材料*包裹的，更加节约了热能消耗，降低了室内温度。
从长期使用来看，这是较为节约的一个应用方案；但是腔体和夹套的结构也较为复杂，设备的一次性投入相对较高。同时在腔体内部布置的回型管路占用了腔内空间大约5升左右，略微影响了装载数量。
