ChIP实验中的细节

做ChIP（Chromatin Immunoprecipitation）几个月，时间不长，但深刻体会细节决定成败，把自己认为值得注意的细节总结如下：

1、cell counting：尽量做到准确，会影响input结果。

2、cross link：甲醛的终浓度是1%，这个基本所有的protocol上都会强调。

3、resuspend cells with SDS:一定要选用小的tip头，在液面下吹打，否则很容易产生气泡，后面的sonication就麻烦了。

4、sonication：ChIP中zui重要的一部分，合适的条件要自己摸索，可以一次尝试不同次数的sonication，然后建议采用EZ-ChIP上推荐的方法看看sonication的效果如何。

5、加入salmon sperm DNA/Protein A or G之前要先混匀，因为salmon sperm DNA是很粘稠的物质，若不混匀，后面你会发现beads的量不一样，自然也会影响实验的结果。

6、wash 的时候前面几个步骤可以不用洗的太干净，但zui后一个要尽量吸干净，必要时可用gel loading tips吸。

7、含beads的samples离心时，有的protocol上推荐是1000rpm，45秒，但可以根据情况调整，但要注意转速不能太快防止beads破碎。（当然如果采用的是magnetic的beads就不存在这个问题）

8、reverse crosslink可以是65°4个小时，也可以overnight。

9、reverse crosslink后的在进行下面步骤之前建议先离心，把蒸发到离心管盖子上的部分离下来。

10、每次行real time PCR之前都要把sample离心保证取样的准确。

11、1~10ul的枪取3ul以上才比较准确，所以考虑好自己PCR反应体系的配置。