色谱柱使用过程中，如果压力升高，一种可能是烧结滤片被堵塞，这时应更换滤片或将其取出进行清洗;另一种可能是大分子进入柱内，使柱头被污染;如果柱效降低或色谱峰变形，则可能柱头出现塌陷，死体积增大在后两种情况发生时，小心拧开柱接头，用洁净小钢将柱头填料取出1~2mm高度(注意把被污染填料取净)再把柱内填料整平然后用适当溶剂湿润的固定相(与柱内相同)填满色谱柱，压平，再拧紧柱接头这样处理后柱效能得到改善，但是很难恢复到新柱的水平柱子失效通常是柱端部分，在分析柱前装一根与分析柱相同固定相的短柱(5~30mm)，可以起到保护延长柱寿命的作用采用保护柱会损失一定的柱效，这是值得的 通常色谱柱寿命在正确使用时可达2年以上以硅胶为基质的填料，只能在pH2~9范围内使用柱子使用一段时间后，可能有一些吸附作用强的物质保留于柱顶，特别是一些有色物质更易看清被吸着在柱顶的填料上新的色谱柱在使用一段时间后柱顶填料可能塌陷，使柱效下降，这时也可补加填料使柱效恢复每次工作完后，用洗脱能力强的洗脱液冲洗，例如ODS柱宜用甲醇冲洗至基线平衡当采用盐缓冲溶液作流动相时，使用完后应用无盐流动相冲洗含卤族元素(fu氯溴)的化合物可能会腐蚀不锈钢管道，不宜长期与之接触装在HPLC仪上柱子如不经常使用，应每隔4~5天开机冲洗15分钟。
