样品前处理过程中在选定SPE柱种类后，我们要确定SPE柱的规格，即SPE柱的填料量和容量。商品化的SPE柱填料多为100 mg、200 mg、300 nag、500 mg、1000mg等。膜片型SPE柱的填料量比传统SPE柱要低。常见的有20 mg、30 mg、50 mg,100 mg等。就其尺寸而言，常见的SPE柱有1 mL、3 mL及6 mL。也有8 mL甚至更大的SPE柱，但这些大体积的SPE柱在实际应用中并不常用
选择SPE柱规格的原则是，首先要保证SPE柱的填料有足够的容量将目标化合物100％ 地保留在柱子上。而另一方面，填料也不易过多。填料越多，对目标化合物有效洗脱的溶剂用量也越大。因此，在选择SPE柱的规格时，必须考虑SPE柱容量。柱容量是指单位质量的填料以主作用力保留化合物的质量。键合硅胶柱的容量一般在1％～5％。以100 mg填料的SPE柱为例，其zui大容量一般不超过5 mg 。离子交换剂的柱容量在0.5～1.5 meq／g左右。值得指出的是，由于我们面对多为混合物，除了目标化合物外，还有许多干扰物。所以，在选择柱子规格时，必须以目标化合物及在萃取条件下可能被吸附的干扰物总量来考虑，而不能仅仅考虑目标化合物。否则，即便目标化合物没有超过柱容量，但是SPE柱在保留目标化合物的同时也会保留部分干扰物，由于两者的总量已经超过了柱容量，其结果，必然是部分目标化合物不能被保留在SPE柱上。因此，为了保险起见，建议柱容量高于估计目标化合物含量的两倍。
1.预处理溶剂及参数的选择
我们要决定对SPE柱进行预处理及平衡使用的溶剂及其用量和流速。对于反相柱或离子交换柱而言，通常可用甲醇或极性有机溶剂作为柱子预处理溶液，水或缓冲溶液作为平衡溶液。正相柱的预处理通常可用洗脱溶剂或非极性有机溶剂。对预处理及平衡溶液过柱的流速要求不是十分苛刻，只要能够保证官能团的碳链有效地伸展开，填料达到接受样品的平衡状态就可以了。
2.样品过柱流速的选择
接下来就是要确定样品通过SPE柱流速是多少。样品过柱的流速与SPE柱中填料的颗粒的大小及尺寸分布、填料的装填密度、目标化合物与样品基质的结合程度、样品的黏度等条件有关。对于100 mg填料的反相硅胶柱，流速一般控制在2～l0mL／min。对于以离子交换为作用机理的萃取，由于其相互作用所需的能量比非极性作用力要大，样品通过SPE柱的速度应该适当的降低，以保证目标化合物有足够的时间与SPE柱填料的离子交换官能团发生作用，一般控制在1.5～5 mL／min。
3.洗涤及干燥参数的选择
如果目标化合物是中性化合物，而选用的是疏水性的非极性填料(如C4，C8，C18等)，可以用水或柱平衡所使用的缓冲液洗涤。如果分析物在固相萃取柱上的吸附力很强，可以在洗涤溶液中加入水溶性的有机溶剂以增强洗涤效果。如果发现回收率降低，收集此组分，检测是否有目标化合物在这一步被洗脱。如果可离子化的目标化合物已经通过调节pH使之中性化并通过疏水作用力被SPE柱吸附，就必须注意洗涤时保持同样的pH，以避免因pH改变而造成目标化合物在洗涤步骤中的损失。
如果目标化合物是阴离子或阳离子(如使用SAX，PSA，NH2，SCX，CBA及PRS等离子交换柱萃取时)，可以用柱平衡所使用的缓冲液进行洗涤。对于带单电荷的分析物，缓冲溶液的离子强度不要超过50 mmol／L。对于带双电荷的分析物，缓冲溶液的离子强度不要超过10 mmol／L。
在一定的环境下，水分的存在对于目标化合物的洗脱以及随后的分析会造成影响。因此，在对目标化合物洗脱之前必须对SPE柱进行干燥。干燥的方法多为采用正压或者负压。正压一般是以一定压力的空气或氮气由SPE柱的上方对填料中的水分进行吹赶；负压则是在萃柱的下方给予一定的真空，使得残留的水分从SPE柱排除。有时，为了更好地清除残留的水分，可以使用很少量的极性有机溶剂，如50μL的甲醇。如果目标化合物较易挥发，就要注意控制正压／负压除水的时间，防止目标化合物在干燥过程中损失。
