显微镜成像系统是指能够把显微镜观察的像，通过专业的显示器或电脑时时呈现出来，并且通过专业的软件达到分析测量的目的。一般显微镜成像系统是由显微镜摄像头和电脑组成。显微镜摄像头，也叫显微镜相机、搭配软件也被称为显微图像分析系统。其是指专门针对显微镜开发的一种输入设备，用于和显微镜结合来获取显微镜成像图像的光学仪器。通过的适配器安放在显微镜的三目筒上，并由数据接口与成像设备相连，实现在成像设备中实时显示样品图片的目的。
按照所使用的图像传感器来分显微镜摄像头可分为CCD摄像头和CMOS摄像头（数字摄像头和模拟摄像头）2种。由于显微镜摄像头是一种专门针对微观世界领域的成像仪器，它可以通过和PC链接，或结合专业的图像处理软件将显微镜观察到的样本微观图像输送出来，然后进行测量和研究，这非常有利于研究人员的对被检物体的分析研究。
普通的显微镜都只能通过眼睛进行观察，而当我们在镜下找到一个目标位置后再去找另外一个目标时，*个目标的往往会因为移动样品之后很难再重新找到，这样就导致很多数据的丢失。有了显微镜摄像头就能把每次观察的样品图像记录下来用来做数据对比，这对于研究人员有非常大的帮助。
显微镜摄像头即克服了显微镜头与相机结合时的对焦技术问题，可以替换式的镜头设计概念，结合数码相机成熟的摄录影像功能，成为一机双用的数码显微镜。
如何使用显微镜摄像头？显微镜摄像头采集到的图像数据需要在电脑或者显示屏中进行显示。一般显微镜摄像头都搭配得有专业的显微镜成像软件来显示和管理摄像头显微镜成像软件传输来的数据。首先要连接好显微镜摄像头及电脑等设备。
连接好了之后我们打开显微镜成像软件。显微镜成像软件的功能包括数据解码，实时预览，摄像头参数调节，图像处理，图像保存等基本功能。针对不同应用领域，成像软件还需要其他的功能。在金相分析上，就需要成像软件有测量、颗粒分析、纹理分析以及完整的报表输出等功能。在血液，精液分析中，又需要形态学分析、自动计数等功能。对于观测大景深的物体需要景深扩展功能，较大的物体又需要图像拼接功能。弱光，荧光环境，又需要成像软件有伪彩增强和荧光分析等功能。显微镜成像软件的好坏往往会影响到整个系统的成像效果。因为在选择显微镜成像软件时，需要根据不同的领域，不同的使用环境，选择合适的软件来配合摄像头的使用。
