首先需要把透析袋夹子夹子剪成适当长度的小段，在大体积的碳酸氢钠和1mmol/L EDTA中将其煮沸10分钟。用蒸馏水*清洗透析袋夹子，放在 1mmol/L EDTA中将之煮沸10分钟。冷却后，存放于4度，必须确保它始终浸没在溶液内。从此时起取用透析袋夹子是必须戴手套。用前在透析袋夹子内装满水然后排出，将之清洗干净。装完样品后，用上浮夹子夹紧袋口，可在袋内放一玻璃珠，以使处于悬浮状态，即可进行透析。为了加快透析速度，除多次更换透析液外，还可使用磁力搅拌器。透析的容器要大一些，可以使用大烧杯、大量筒和塑料桶。
更准确地说，截留分子量定义为溶质截留率至少为90%的分子量。但鉴于溶质的渗透性还取决于分子形状、水合程度、离子电荷和极性，我们建议透析袋夹子截留溶质分子量百分之50-80、且大于允许通过成分分子量100倍的数值作为所选膜的截留分子量。这些预实验必须包括两种底物噬菌体，一个带有已知的能够被切割的底物序列，一个带有已知的非底物序列。使用相同数量的底物分别与亲和性结构域结合，之后加入要研究的蛋白酶进行酶切。
