1、当前运行的在线监测仪测量周期一般为2小时或四小时，并不能*实现真正意义的在线测量。如此，带来两方面的问题：一是由于多数企业污水COD、氨氮浓度变化比较大，排放没规律可循，在线监测仪所测得的数据为当时一点数值，不能反应出真正连续排污情况;二是给了排污企业可乘之机，其在测量时刻排放达标水，在测量间隙排放高浓度废水。
解决此问题的zui直接方法是增加测量频次，但如此将会使仪器的运行费用及废液(含汞、铬、银等重金属离子)的排放量成倍增长。
2、随着排污收费力度的加大，在线监测仪的测量值将逐渐成为收费的计量依据，排污企业及管理部门对数据的准确性、有效性将更加关注。尤其当监测数据出现异常时，往往会发生排污企业与运营公司或排污企业与管理部门的数据准确性纠纷，但由于事过境迁，样品无法复现，很难裁决是仪器问题还是废水问题，给收费带来不少困难。
3、在线监测仪故障维修期间，为了保证数据的连续性、有效性，往往需要用人工定时取样的测量值作为补充。如此常常要占用大量的人力物力，尤其当排污企业较多及涉及夜间采样时问题更为突出。
4、根据2009年环境保护部下发的《国家监控企业污染源自动监测数据有效性审核办法》和《国家重点监控企业污染源自动监测设备监督考核规程》(环发[2009]88号)的相关要求，国控污染源应每季度进行一次比对监测，每次比对至少采集三个样品，由于在线监测周期较长，现场样品采集工作已成为比对监测工作系统中工作量较大的环节之一，造成了人力物力的大量占用。
部分省市为了解决上述问题，在废水排放口配套安装了水质自动采样器，起到了一些积极的作用。
1、在总排污口与监测仪中间安装水质自动采样器，由采样器采集混合水样提供给在线监测仪进行测量。由于采样器的采集间隔可以做到很短(例如10分钟)，采样量可以按流量比例采样，所采集的水样为加权平均样，所以更具有代表性。
在线监测仪每天仅测量一个混合样的值即可得到企业一天的排污状况。如此即可解决代表性与偷排问题，还可节省90%的运行费用，同时减少了废液的排放。
2、水质自动采样器同时具有超标留样功能，采样器实时监视在线监测仪的动作，如果测量结果超出排放标准上限，则采样器自动将同质水样保留到采样瓶中，并低温冷藏。所保留的原水样可到实验室进行进一步的化验分析，以鉴别水样是否真超标。有了“物证”，数据纠纷问题即可裁决。
而且一旦发生超标留样，采样器可通过无线网络，即时上报超标信息，信息包括留样时间、瓶号、超标值等，监管人员可在*时间掌握超标信息，为控制污染事故赢得时间。
3、在线监测仪故障期间，采样器可将按设定的采样程序将每次采集来的水样保存到冷藏箱内，工作人员只需一趟即可得到多个样品，节省人力物力，而且采集的水样更具代表性与真实性。
4、同步采样留样，解决比对工作量大问题。当在线监测仪启动并采集水样时，采样器同时采集一定体积的同质水样直接存放到采样瓶中冷藏保存，采样器同时记录下采样的时间及对应的瓶号。工作人员只需进行简单设置，待采样数量满足要求后前来取走水样同时记录下监测仪数值便可轻松完成工作。
综上所述，建议在各污染源排放口、污水处理厂排放口补充配套安装水质自动采样器，以使节能减排及排污收费更加有效进行。
