耶拿等离子体质谱仪主要用于液体试样（包括经化学处理能转变成溶液的固体试样）中金属元素和部分非金属元素的定量分析。使用雾化器将样品溶液泵入进口系统，形成微小的样品气溶胶。
样品气溶胶的一部分在等离子体被离子化，通过双锥将样品离子从等离子体提取至含有四极杆质量过滤器的真空系统中。
通过离子光学系统将不同质荷比的离子输送到质量分析器中。质量分析器选择特定质荷比的离子，然后通过电子倍增器对特定质荷比的离子计数。将特定元素的离子得到的CPS值与校正曲线进行比较，计算出样品元素的浓度。
耶拿等离子体质谱仪的组成条件：
由ICP焰炬，接口装置和质谱仪三部分组成；若使其具有好的工作状态，必须设置各部分的工作条件。
工作条件：主要包括ICP功率，载气、辅助气和冷却气流量。样品提升量等。
接口装置工作条件：ICP产生的离子通过接口装置进入质谱仪，接口装置的主要参数是采样深度，也即采样锥孔与焰炬的距离，要调整两个锥孔的距离和对中，同时要调整透镜电压，使离子有很好的聚焦。
质谱仪工作条件：主要是设置扫描的范围。为了减少空气中成分的干扰，一般要避免采集N2、O2、Ar等离子。进行定量分析时，质谱扫描要挑选没有其它元素及氧化物干扰的质量，同时还要有合适的倍增器电压。
