自体萤光（Endogenous fluorescence）
生物组织本身通常即含有可以以双光子激发的萤光分子，胺基酸中的tryptophan和tyrosine都会发光。但是胺基酸的单分子吸收波长大约在 250 ~ 300 nm的范围，也就是500 ~ 600 nm的双光子吸收，通常双光子显微系统所使用的雷射可用波长并不包括这个波长。且因为胺基酸在生物各部为的分佈密度差异不大，从而得到的萤光分佈也并不是特别有意义。
LG-1立式光学计技术规格：
1、被测件zui大长度：180mm
2、直接测量范围：±0.1mm
3、分划板分度值：1um
4、总放大倍数：1000X
5、测量压力：（2±0.2）N
6、示值变动性：0.1 μm
7、zui大不准确度：±0.25 μm
8、读数方式：分划板读数
9、zui大测量误差：±（0.5 L/100） μm L是被测长度,以mm计
10、仪器体积：340*160*410mm
11、仪器重量：30kg

LG-1立式光学计标准配件：
1、可调带筋园台
2、可调园平台
3、带筋固定方台
4、平面测帽 Ф2
5、平面测帽 Ф 8
6、小球面测帽
7、刃形测帽

 生物体中常用的高能量分子NADPH与NADH也会产生萤光。独立的NAD（P）H吸收谱线为340 nm并放出460 nm的萤光，衰灭时间400皮秒。与其他分子结合的NAD（P）H之萤光光谱会蓝移，且衰灭时间延长到2奈秒。高新成代谢率的区域因为有高浓度的NAD（P）H，所得影像亮度较高。NAD（P）H的萤光因此可用来监测角膜与皮肤中的氧化还原态。在粒线体中浓度特别高的黄素蛋白（flavoprotein）（生化反应中电子传递鍊上的能量分子）也可用于双光子萤光显微，其单光子的吸收谱线在450 nm，放出550 nm的萤光。

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