双光子显微镜的架构一般皆包含三部分：飞秒（fs）等级之脉衝式雷射、高集光效率的显微镜系统、高敏感度的光电转换系统。雷射通常使用钛-蓝宝石雷射，经过两面反射镜以在x-y平面上移动聚焦点。
双光子激发所得到的萤光由高NA值的水镜收集；此物镜的有效工作距离同时也大约限制了可能的观测深度。物镜与样品间的相对高度以压电晶体控制以快速移动。zui后将物镜收集到的萤光通过分光镜、光纤，进入光电倍增管，光电倍增管转换出的讯号交由电脑重组出三维的影像。
 JDG-S1数字式立式光学计技术参数：
1、被测件zui大长度：180mm
2、直接测量范围：≥±0.1mm
3、zui小显示值：0.1 μm
4、测量力（2±0.2）N
5、示值变动性：0.1 μm
6、zui大不准确度：±±0.25 μm
7、读数方式：数字显示
8、zui大测量误差：±（0.5 L/100） μm L是被测长度,以mm计
9、体积：300*170*410mm
10、重量：18kg

JDG-S1数字式立式光学计标准配件：
1、可调带筋园台
2、可调园平台
3、带筋固定方台
4、平面测帽 Ф2
5、平面测帽 Ф8
6、小球面测帽
7、刃形测帽

生物组织显像所使用的萤光分子
双光子萤光显微用于生物组织显像时所使用的萤光分子分为两种：自体萤光与外加萤光。

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