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基因表达分析新技术(二)

时间:2011-11-12      阅读:660

生物通报道:科学家们为了能深入了解特异性基因表达,发展了许多实验技术,比如芯片技术,PCR,高通量测序等,但是要想得到的结果,仍然依赖于实验操作人员对于技术掌握的熟练程度。而且随着基因表达研究越来越多,为了确保公布的结果的性,对于相关分析也越来越严格。不过所幸目前也有了更多基因表达分析相关的产品,这些产品带来的新技术也许能帮助我们解决难题。生物通 www.ebiotrade.com
接上文Science:基因表达分析新技术(一)
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多重PCR需要多条引物,而要确认扩增的特异性,就得先保证引物的靶标特异性,在这方面,Beckman Coulte公司推出了一款引物设计软件:eXpress Designer,这一软件能配合Beckman本身的几个PCR产品,完成,特异性强的设计。Beckman的产品Handy Yowanto还指出了引物设计的几个小贴士——首先要确保引物是跨越内含子的片段(intron spanning),并尽量减少基因组其它DNA的干扰。同时也不要涉及到SNPs出现的位置,因为这也许会减少产量。除此之外,当然更多的操作能增加设计的熟练程度,随着对于这项技术在不同实验中的应用,设计引物也会变得越来越容易。
qPCR标准生物通 www.ebiotrade.com
要从PCR实验中获得的结果需要注意到大量的细节,早在1997年,伦敦大学玛丽皇后学院的分子生物学教授Stephen Bustin就意识到了这个方面,他表示,而且研究人员在发表文章的时候也没有提供详细的有关如何操作定量PCR的详细信息,有时信息还是错误的,这造成了不少问题。
2009年,Bustin教授与他的同事出版了定量实时PCR实验的指导手册:MIQE,这一免费手册得到了Bio-Rad公司的支持(Bio-Rad公司赞助推出*个MIQE qPCR iPad app),其它一些大型的供应商,比如安捷伦,Life Technologies,Thermo Fisher也都提供了重要的信息,除此之外来自比利时Biogazelle公司还补充了qbasePLUS这一qPCR分析软件——这是MIQE中*提及的分析软件。生物通 www.ebiotrade.com
这一MIQE(Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments)为研究人员提供了必要的资源和核对表,提供了一套在上推出的指导方针,就评价QPCR实验和发表文章时所必需的实验信息提出了zui低限度的标准, 也提供了一个出版时所要附带的checklist。目前MIQE可从苹果的App Store商店免费获得,MIQE qPCR app帮助研究人员实现了qPCR实验的准确、透明和可靠。该应用中不同颜色的核对表区分了必要和可取的MIQE要求,并直观地显示了过程。用户可直接链接到MIQE相关的文献,或者通过电子邮件向专家询问有关qPCR或MIQE的问题。应用中有着的qPCR资源、参考文献和新闻。
单细胞表达分析生物通 www.ebiotrade.com
平均数据是个谎言,对于基因表达来说,平均数据并不能代表整个群体中任何一个细胞的特征,比如说,某种特异基因的表达柱形图也许只代表了两个不同细胞群中的两个峰值。而且有时候真相只存在于单细胞,而不是群体水平细胞中,许多生物过程也许就只是单个细胞驱使,或者说调控的。
但是要分析单细胞并不容易,而且如果在分析单细胞的时候,只关注到一些基因,也许就会错失表达模式机制,来自Fluidigm公司的BioMark HD高通量基因分析系统也许能帮助解决这个问题——这一系统配合其动态芯片,能同时追踪96个细胞中的96个基因。生物通 www.ebiotrade.com
单细胞分析的另外一个问题就是分辨率,天然的单细胞十分小,这也就意味着实验样品的材料并不多,研究人员需要对这些宝贵的材料进行有效的分析,这需要高性能微流体来帮忙,BioMark HD的一大创新点就是集成流体通路(Integrated Fluidic Circuit,IFC)技术,这一技术利用集成电路制作工艺在硅片或石英玻璃上刻上许多微管和微腔体,通过不同的控制阀门控制溶液在其中的流动来实现生物样品的分液、混合、PCR扩增。这一技术极大地简化了生物样品和试剂的分液操作,提高分析通量和灵敏度,其纳升级的反应体系为高通量的基因分析应用节省大量成本(试剂用量更少,样品量更少)。
除此之外,Fluidigm公司的Dynamic Array(48.48动态芯片和96.96动态芯片)和Digital Array(12.765数码芯片和48.770数码芯片)能应用于不同的基因分析,比如拷贝数变化分析、遗传突变检测、基因分型、基因定量、单细胞基因表达等,这有利于研究人员的进一步分析检测。

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