当马弗炉的温度控制效果不理想时可进行系统自整定。自整定过程中温度会有较大过冲，用户在进行系统自整定前请充分考虑此因素。
马弗炉在非设定状态下长按“移位/自整定”键6秒后进入到系统自整定程序，整定指示灯闪烁，自整定结束后该指示灯停止闪烁，马弗炉的控制器会得到一组更佳的系统PID参数，参数值自动保存。在系统自整定过程中长按“移位/自整定”键6秒后可中止自整定程序。
马弗炉在系统自整定过程中若有上偏差超温报警，报警指示灯不亮，蜂鸣器也不鸣叫，但加热报警继电器会自动断开。在系统自整定过程中“设定”键无效。在系统自整定过程中无论是否有恒温时间设定，控制器显示窗下排总是显示温度设定值。