显微镜电源系统是提供整台显微镜的电力系统。显微镜电源根据显微镜功能的不同，分为几种不同的系统。一般的正置显微镜电源是内置到显微镜底座，然后通过一根电源线连接出来，这是zui简单的电源系统，不能自己更换。荧光显微镜所搭配的汞灯灯箱有着比较复杂的电源系统。由于激发汞灯所需的电压与传统的LED灯、卤素灯不同，所以单独给汞灯灯室搭配得有一个供电箱，一般汞灯电源是一个长方形，长宽高为15厘米左右的盒子。上有开关，调节电压的旋钮等装置，根据不同品牌和型号略有不同。荧光显微镜除了汞灯电源外一般还有透射式光源的电源，与一般正置显微镜的电源无二。

安装显微镜时，要让电源线远离镜架。如果电源线接触到发热的镜架，电源线会因为受热而熔化，从而导致触电。把显微镜安装在固定、平坦桌面或工作台上。不要堵塞镜架下面的通风口。不要把显微镜放在毡子之类的柔软表面上，这样会堵住通风口，造成过热或着火。
正确连接电源线，并且将电源上的接地端子与墙上插座的接地端子牢固相连。如果显微镜没有接地，上海光学仪器一厂就无法保证显微镜的用电安全和设备性能。不使用显微镜时，或者显微镜发生故障时，要从AC插口或墙上插座中拔出电源线。

和普通显微镜光源不一样，显微镜需要有丰富的紫外线来激发标本而发出荧光，所以荧光显微镜需要配置单独的电源系统。荧光显微镜系统里汞灯发射的光谱里含有丰富的紫外光，自然适合用来作为荧光显微镜光源。