翊圣推出华大MGI平台整体解决方案
时间：2019-12-03 阅读：1007
翊圣推出华大MGI平台整体解决方案
“基因科技，造福人类”是华大基因坚持不变的使命，近几年随着华大技术的不断突破，测序平台的不断完善，华大基因已经成为国产高通量测序仪的中坚力量。
“国产试剂，助力中国智造”，致力于成为分子酶产业创新者，翊圣生物一直保持对高通量测序技术的高度关注，并长期专注于分子酶原料及建库试剂盒等产品研发和生产，加上与华大平台的密切合作，现推出华大平台建库的完整解决方案，可满足主流的测序应用。
解决方案part1
Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit for MGI®
——全能型DNA建库试剂盒，建库试剂“*”
★适用样本类型广： cfDNA、FFPE在内的所有样本均能获得优异文库
★应用范围广：应用于全基因组测序、靶向捕获测序、Chip-seq等
★两大秘密武器：*效连接酶与强扩增效率高保真酶
★品质稳定：严格的批次性能与稳定性质控
数据展示：
1）13310建库试剂盒适用于不同样本，均可高效建库
Template | 1 ng—cfDNA | 50 ng—小牛超声 | 10 ng—FFPE超声 | |||
建库试剂 | 小样 | 对照 | 小样 | 对照 | 小样 | 对照 |
Cycles | 13 | 8 | 10 | |||
Concentration (ng/μL) | 32.6 29.6 | 30.2 30.4 | 87.6 82.8 | 82.6 79.0 | 59.6 68.0 | 50.4 53.6 |
Average | 31.1 | 30.3 | 85.2 | 80.8 | 63.8 | 52.0 |
Total(ng) | 995.2 | 969.6 | 2726 | 2585 | 2041 | 1664 |
2）使用13310建库试剂可获得高质量的测序数据
全基因组测序（WGS）
样本信息：human cell line N12878
试剂盒：Yeasen机械Vs MGI demo
测序类型：MGISEQ-2000 High-throughput Sequencing Set (PE 150)
数据分析：MegaBOLT+GATK
结论：Yeasen机械法建库试剂，上机测试结果与华大demo相比，SNP变异检测性能一致，INDEL变异检测性能更高。
| Yeasen-超声约150ng | MGI-demo | ||
1-1 | 1-2 | 2-1 | 2-2 | |
Raw bases (bp) | 92238502500 | 86419274400 | 95887631200 | 95354400400 |
GC content (%) | 41.19 | 41.16 | 41.55 | 41.56 |
Clean Q20 (%) | 95.615 | 95.53 | 97.13 | 97.115 |
Clean Q30 (%) | 86.475 | 86.285 | 89.915 | 89.925 |
Mapping rate (%) | 99.42 | 99.41 | 99.36 | 99.33 |
Duplicate rate (%) | 0.83 | 0.79 | 2.5 | 2.51 |
snp_Precision | 0.9989 | 0.9987 | 0.9988 | 0.9986 |
snp_Sensitivity | 0.9905 | 0.9918 | 0.9816 | 0.9854 |
snp_F-measure | 0.9947 | 0.9952 | 0.9901 | 0.992 |
indel_Precision | 0.9459 | 0.9431 | 0.932 | 0.9322 |
indel_Sensitivity | 0.9189 | 0.9105 | 0.8766 | 0.8759 |
indel_F-measure | 0.9322 | 0.9265 | 0.9034 | 0.9032 |
解决方案part2
Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI®
——酶切法建库试剂盒，酶切“一步法”
★操作简便：样本片段化到接头连接，一管内完成；
★高效的片段化酶：偏好性极低，完美替代转座酶法建库；
★投入量范围广：500 pg-1 μg DNA样本实现稳定建库；
★试用样本多：基因组DNA、全长cDNA、FFPE DNA样本。
数据展示：
1）高效酶切，酶切产物片段大小只与酶切时间有关，与样本的投入量和样本的GC含量均无相关性。
2）适用多样本建库，不同投入量，酶切均可高效建库
Template | 500pg 小牛 | 2ng-小牛 | 100ng-小牛 | 5ng-FFPE | 10ng-FFPE | |||||
建库试剂 | 小样 | 对照 | 小样 | 对照 | 小样 | 对照 | 小样 | 对照 | 小样 | 对照 |
Cycles | 14 | 11 | 7 | 11 | 11 | |||||
Concentration (ng/μL) | 14.0 | 17.5 | 17 | 16.6 | 114 | 93.8 | 22.6 | 17.3 | 34.0 | 31.2 |
Total(ng) | 448 | 560 | 544 | 531.2 | 3648 | 3001.6 | 723.2 | 553.6 | 1088 | 998.4 |
3）酶切建库可获得高质量测序数据
全基因组测序（WGS）
样本信息：human cell line N12878
试剂盒：Yeasen酶切法Vs Enzy* 酶切
测序类型：MGISEQ-2000 High-throughput Sequencing Set (PE 100)
数据分析：MegaBOLT+GATK
结论：Yeasen酶切法建库试剂盒对比Enzy* 酶切法建库，SNP变异检测性能更强，INDEL变异检测性能更高。
| Yea-50ng-酶切 | Enzy-50ng-酶切 | ||
3-1 | 3-2 | 4-1 | 4-2 | |
Raw bases (bp) | 109966280700 | 101567894100 | 90543565800 | 107930258600 |
GC content (%) | 41.17 | 41.23 | 40.43 | 40.25 |
Clean Q20 (%) | 98.205 | 98.315 | 98.405 | 98.36 |
Clean Q30 (%) | 92.66 | 93.005 | 93.425 | 93.255 |
Mapping rate (%) | 99.55 | 99.57 | 99.58 | 99.56 |
Duplicate rate (%) | 2.49 | 2.8 | 2.32 | 2.63 |
snp_Precision | 0.9988 | 0.9987 | 0.9975 | 0.9978 |
snp_Sensitivity | 0.9905 | 0.988 | 0.9819 | 0.9839 |
snp_F-measure | 0.9946 | 0.9933 | 0.9897 | 0.9908 |
indel_Precision | 0.913 | 0.9091 | 0.8888 | 0.89 |
indel_Sensitivity | 0.9026 | 0.8911 | 0.8477 | 0.8639 |
indel_F-measure | 0.9078 | 0.9 | 0.8678 | 0.8768 |
解决方案part3
Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®
——高效环化试剂盒，兼容主流建库试剂
★适用范围广：兼容主流建库试剂盒（KAPA、华大等）；
★快速环化：1小时快速环化，产物满足DNB制备；
★环化效率高： cfDNA环化效率>30%，其它样本>40%；
★品质稳定：严格的批次性能与稳定性质控。
解决方案part4
Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®
——兼容常规链与链特异性建库试剂盒，mRNA建库“一盒双用”
★样本适用范围广：耐高温，适合复杂模板 mRNA 建库；
★片段化可控： 片段大小均可选择合适的打断条件；
★文库质量优异： 多样本类型测试，结果均能满足不同客户需求；
★测序质量优异： rRNA 残留更低，有效数据占比更多。
解决方案part5
Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI®
配套接头——满足96种样本数据的拆分
Hieff NGS® DNA Selection Beads
精准分选——完美替换AMPure XP
dsDNA HS Assay Kit for Qubit®
双链DNA定量神器——5min精确定量文库
产品信息
产品信息 | 名称 | 货号 | 规格 |
全能型建库试剂盒 | Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit for MGI® | 13310ES08/16/96 | 8/16/96T |
酶切法建库试剂盒 | Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI® | 13321ES08/16/96 | 8/16/96T |
mRNA建库试剂盒 | Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI® | 13331ES08/16/96 | 8/16/96T |
环化试剂盒 | Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI® | 13341ES08/16/96 | 8/16/96T |
rRNA去除试剂盒 | Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) | 12253ES08/24/96 | 8/24/96T |
接头 | Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI® | 13360-62 | 4/16/100T |
磁珠 | Hieff NGS® DNA Selection Beads | 12601ES08/56/75 | 5/60/450mL |
Qubit定量 | dsDNA HS Assay Kit for Qubit® | 12640ES60/76 | 100/500T |