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献给初学者,基因功能研究时,如何在细胞内过表达基因?

时间:2017-09-07      阅读:1390

 

 

进行基因功能研究时如能包含信号通路无疑会提升故事的深度和完整性。研究信号通路很重要的一个手段是过表达基因,观察表型变化。今天就向大家介绍一个过表达基因的技术——过表达载体的构建。下面就从目的基因调取、引物设计、过表达质粒构建详细说明。

 

以人pyrin基因、pWPI-eGFP过表达质粒为例,构建慢病毒过表达载体pWPI-eGFP-pyrin

一、pyrin基因序列的调取

进入NCBI数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov),

 

 

选择pyrin种属来源,如人

 

 

选择基因亚型,需查阅文献(根据实验需求,并查阅文献发现pyrin亚型1与研究目的一致)

 

 

点击NM 000243.2,查找到基因pyrin的CDS区,

 

二、克隆方法的选择

粘性末端克隆法

该方法需要在目的基因pyrin引物的5端加上酶切位点,方法如下:

 

1. 酶切位点选择

 

 

1)pWPI-eGFP质粒中带有启动子EF-1α(与CMV启动子类似),双酶切可选择SwaⅠ与PmeⅠ或PacⅠ与PmeⅠ。注意不要选SwaⅠ与PacⅠ,因为双酶切时两个酶切位点的距离应相差在9bp以上。在这里,我们选用PacⅠ与PmeⅠ双酶切距离说明。

2)双酶切时,需要在酶切位点前面加上保护碱基,以保证*的酶切效率。选取酶切效率zui高的保护碱基。

 

 

2. pyrin基因的引物设计

 

以PacⅠ与PmeⅠ双酶切为例,pyrin基因的上下游引物为

 

3. 设计好引物后,PCR扩增pyrin基因,跑胶回收PCR产物,PacⅠ与PmeⅠ双酶切pWPI质粒和pyrin基因,回收酶切产物,连接转化即可。

4. 挑取单克隆,验证,获得阳性克隆。

 

粘性末端克隆获得的重组质粒可用于瞬转,研究基因功能。但是,要长时间稳定过表达基因,就需要慢病毒包装,此时pWPI-eGFP中的cPPT/CTS需要保留,那么PmeⅠ就不适合进行酶切载体。此时就需要另外一种克隆方法——一步法克隆。

一步法克隆法

该方法需要在pyrin基因引物的5端添加与pWPI载体末端相同的重叠序列,具体做法如下:

 

1. 酶切位点的选择

根据慢病毒包装的要求,pyrin基因需要插入在cPPT/CTS位点前面,此时载体的线性化可以通过SwaⅠ或PacⅠ单酶切实现。

 

2. pyrin基因的引物设计

1)重叠序列大小为15-20bp,酶切位点不计算在内;2)以PacⅠ单酶切为例,pyrin基因的上下游引物为:

 

3. 设计好引物后,PCR扩增pyrin基因,胶回收产物与载体酶切回收产物发生重组反应。

4 挑取单克隆,验证,获得阳性克隆。

三、质粒构建成功后,转染细胞,观察是否表达。若进行稳转,后续还需使用该重组质粒包装慢病毒。

四、注意事项

1、可通过GFP蛋白的表达情况,观察转染效率。若转染效率较低,可通过抗生素筛选,提高整合基因到基因组的细胞的纯度。因pWPI-eGFP质粒不带有哺乳动物细胞药物筛选基因,因此可以通过流式细胞术筛选,获得带有GFP阳性的细胞,使整合基因到基因组的细胞纯度提高。

2、还可以通过有限稀释法获得单个阳性克隆的细胞,避免在细胞传代过程中,由于细胞不断分裂,过表达的效果不断减弱造成的表型不明显现象的发生。

3、本案例较为特殊,对于其他过表达载体构建或慢病毒包装而言,一步法克隆方法与粘性末端克隆方法或许均可使用。

HB170904

 

 

 

 

 

 

 

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