病原微生物NGS解决方案来了，您准备好项目了吗？-技术文章-重庆市华雅干细胞技术有限公司手机版

病原微生物NGS解决方案来了，您准备好项目了吗？

时间：2020-10-12 阅读：1509

病原微生物NGS解决方案来了，您准备好项目了吗？

人类与感染性疾病的战斗持续了几千年。但自17世纪列文虎克用显微镜观察到微生物后，人类才逐渐认知到了感染性疾病是由病原微生物导致，逐步开启了病原微生物的研究。
主要的研究方法包括经典的培养鉴定法、实时荧光定量PCR法、NGS分析、质谱分析等多种方法。其中NGS由于可直接从宿主中快速而正确地检测鉴别病原体的全基因组序列，以及通量高、数据库全等特点，逐渐成为微生物研究领域的重要方法，并为后续实现对感染性疾病诊断、治疗及预防提供技术保障。

NGS在病原微生物研究中的主要应用包括：
(1) 确定病原体全基因组序列，动态监控病原体的基因组变异；
(2) 特殊病原体（少见、未知、混合感染）的快速鉴定；
(3) 病原体的耐药情况、毒力因子、以及与宿主的相互作用等的研究。

但是，科研人员往往面临病原微生物核酸含量低、宿主核酸污染、实验流程复杂等问题，

Takara病原微生物NGS文库构建解决方案，能又快又好地帮您完成以下领域的分析。

1. 病原微生物检测

宏基因组学（Metagenomics）解决方案

宏基因组学是研究环境或人体等样本中所有以DNA为基因组的微生物遗传物质的技术，它的发展开启了病原微生物研究的新时代。这种技术不依赖微生物分离培养，可直接对临床样本中的核酸进行检测，分析微生物群落、以及微生物与宿主之间的相互关系。

ThruPLEX DNA-Seq Kit，实现对微量样品的可靠宏基因组分析

在某些情况下，以非常少量的临床样本作为研究对象进行宏基因组分析是难免的，这类样本包括临床拭子、体液、少量组织等。ThruPLEX DNA-Seq Kit支持50 pg-50 ng DNA起始，单管操作、手动15 min、总共两小时，过程中无需转管与纯化，轻松应对宏基因组建库难题！

【文献案例】

皮肤是人体大的器官，“网罗”了各种各样的微生物。多年来，虽然科研人员对涉及皮肤内稳态的微生物群落研究有了一些进展，但对皮炎与微生态失衡之间是否关联知之甚少。近来，瑞典卡罗林斯卡医学院的Dr. Nanna Fyhrquist团队在Nature Communications杂志上发表了题为Microbe-host interplay in atopic dermatitis and psoriasis的文章，采用宏基因组学结合16s rRNA测序、宿主转录组测序分析技术，探讨过敏性皮炎、银屑病及健康人皮肤表面微生物群落特征，并与宿主皮肤转录组数据进行关联分析。

结果显示，过敏性皮炎与银屑病皮肤样品具有各自*的微生物群落特征，并都与健康人样本的数据存在差异。其中，过敏性皮炎样本的优势菌为Staphylococcus aureus，与皮肤屏障功能、色氨酸代谢及免疫激活等宿主转录组数据有相关性；银屑病样本显示出共生的微生物群落结构，并与宿主疾病相关基因的表达存在弱相关性。

本案例，作者使用皮肤拭子采集皮肤微生物样本，采用ThruPLEX DNA-Seq Kit完成宏基因组文库构建，起始DNA量为50-300 pg，非常微量！该试剂盒具有操作简便，所构建文库覆盖度均一、多样性好、duplicates比例低等特点，助力Dr. Nanna团队获得了可靠的宏基因组数据，为后续皮肤炎症biomarker的发现及靶向治疗提供了数据支持！

重庆市华雅干细胞技术有限公司拥有TAKARA旗下Clontech品牌代理权，正品现货，欢迎咨询！