高品质血浆来源cell free DNA NGS文库构建试剂
时间：2020-11-10 阅读：1124
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ThruPLEX® Plasma-seq Kit | ||||||||||||||||||||
| · 专为cfDNA设计：经过优化的修复及连接试剂 · 高品质NGS文库：在宽广的GC含量范围内，可以达到高检测再现性 · 起始量范围广：＜1 ng到30 ng cfDNA量 · 快速简便：无需纯化或样品转移的单管、2小时、3步操作步骤 · 应用领域：液态活检、ctDNA、目标区域测序等领域文库构建 · 兼容自动化平台：Beckman® FXP Workstation | ||||||||||||||||||||
| ■ 产品说明： | ||||||||||||||||||||
| ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技术，并用于血浆来源cfDNA高品质NGS文库构建。 该试剂专门针对cfDNA进行优化，在保持样本GC代表性的基础上，提升了文库的信息容量。文库构建后可用于CNV分析、全基因组测序分析或是采用一些panel针对目标区域进行捕获富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。 血浆样品采用ThruPLEX Plasma-seq试剂盒制备文库，能有更好的灵敏度、更准确的基因变异分析结果。与其它液态活检的样品一样，血浆由于其易获得、价值高的特点，深受研究肿瘤学或者孕妇血浆中胎儿游离DNA科研工作者的重视。 | ||||||||||||||||||||
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| 图1. ThruPLEX® 技术概要。ThruPLEX Plasma-seq Kit技术3步反应即可完成针对cell free DNA的建库工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的进行末端修复。通过采用茎环形接头（无单链尾巴）进行高效平端连接，降低了背景。封闭的5’端阻止了接头-接头二聚体形成。随后未使用的接头被降解，进一步降低背景。高保真度扩增的方式完成以上反应，并获得含有illumina index的文库。 | ||||||||||||||||||||
| （*图片来源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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| 图2. 高cfDNA文库多样性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq Kit构建的文库，具有高的多样性和低的duplicates和unmapped reads。图中表示cfDNA分别提取于3份血浆样品，文库定量采用Qubit荧光定量。Bioanalyzer测定mononucleosomal DNA在各样品的量分别为0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式测序，且每个文库产生17 M到25 M reads。每个文库在down-sampling数据至17 M reads以后，计算Duplication rates。 | ||||||||||||||||||||
| （*图片来源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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| 图3. 优异的靶向测序文库构建能力。图中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit构建的文库通过panel进行高效捕获，对kinome进行深度测序分析以检测突变。3个血浆样品分别起始建库量为5 ng、6.5 ng、10 ng，三次重复。目标区域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel进行捕获，并用Illumina Miseq平台进行测序，平均每个文库获得5 M reads，目标碱基被成功捕获分析。 | ||||||||||||||||||||
| （*图片来源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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| 图4. 高重复性的、无偏倚的GC覆盖度。针对人类基因组，ThruPLEX Plasma-seq Kit表现出高再现性、低偏倚GC覆盖度NGS文库构建能力。9次独立的血浆样品文库构建的实验结果表明，ThruPLEX重复性高于其它产品。文库的制备是利用的1 mL血浆来源cfDNA，后续采用illumina NextSeq 500进行测序。作为对比，A公司试剂构建了4份独立血浆样品的文库。 | ||||||||||||||||||||
| （*图片来源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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图5. Karolinska协会和CRUK测试的结果。5 ng游离cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit进行illumina文库构建。结果表明利用Hiseq平台进行的Low-pass WGS,每个文库能获得接近12.5 M reads。 订购信息：
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