Rubicon公司拥有ThruPLEX®和PicoPLEX®技术。特殊的引物或接头设计，能以微量DNA样本起始构建下一代测序文库。

ThruPLEX用于cfDNA-液体活检样品

液体活检样品包括

循环核酸

– Cell-free DNA (cfDNA)

循环肿瘤DNA（ctDNA）占一小部分

– Cell-free mRNA

– Cell-free miRNAs, long non-coding RNA

循环肿瘤细胞（CTCs）

– 从实体瘤释放到血液中的肿瘤细胞

外泌体

– 小的膜衍生囊泡（40–100 nm）包含：

exoDNA；microRNAs, mRNAs；蛋白，脂类。

其中游离核酸通常从血浆和血清中分离（也存在于尿液和脑脊液中），受个性化医疗和液体活检前景的推动（无创，早期检测，监控）。 对cfDNA测序的关注高于cfRNA。

Cell-free DNA的特点

降解

包含单体，二聚体，三聚体的核小体DNA fragment

成分和产量高度可变 （病人和疾病相关）

小分子，分子大小~170 bp

如何进行cell-free DNA测序？

基于扩增技术的靶向测序

– 用于基因组重点区域检测的小型panel

– 如 Thermo AmpliSeq, Illumina TruSight, ArcherDX VariantPlex, etc

全基因组测序

– 标准覆盖度30X至60X

用于SNP, InDel, CNV, SV

价格高，很少研究者用于cfDNA分析

– 低覆盖度（测序深度浅）0.1到2X

用于CNV

样本起始量低

基于杂交技术的靶向测序

– 外显子组50X 至100X， panels 150X 至300X

分析SNP, InDel, CNV, SV

全基因组测序和基于杂交技术的靶向测序适用产品

ThruPLEX® DNA-seq Kit

起始量 50 pg-50 ng

ThruPLEX® Plasma-seq Kit

起始量1 ng-30 ng 优化用于cell-free DNA

超深度靶向测序

– Panels 1,000X 至10,000X；体细胞突变频率<5% allele frequency

ThruPLEX® Tag-seq Kit

带有分子标签 起始量1 ng-50 ng

ThruPLEX已被很成熟的用于cell-free DNA研究

文献一

Kitzman et al. 2012. Noninvasive Whole-Genome Sequencing of a Human Fetus. Science Translational Medicine.

作者：华盛顿大学Jay Shendure Lab Jacob Kitzman现任密歇根大学助理教授

• 概念验证研究，展示了通过无创方法确定胎儿基因组序列。

• ThruPLEX用于从母体血浆样品中分离的游离DNA构建NGS文库。

文献二

Murtaza et al. 2013. Non-invasive analysis of acquired resistance to cancer therapy by sequencing

of plasma DNA. Nature.

作者：英国癌症研究中心（Cancer Research UK）Nitzan Roselfeld Lab Muhammed Murtaza现任Tgen（Translational Genomics Research Institute）和梅奥诊所（Mayo Clinic）助理教授

• 通过对病人的游离DNA测序实现无创突变检测

• 采用ThruPLEX利用cfDNA构建NGS文库，对病人循环肿瘤DNA进行全外显子组分析

• 展示了在治疗前后检测肿瘤演变的能力

Rubicon公司成立于2000年，总部位于美国密歇根州。产品都拥有技术，检控严格，拥有cGMP级生产能力，是单细胞测序文库构建的。2017年1月，Rubicon 成为Takara的一员，并且发展良好。

华雅旗下红荣微再（上海）生物工程技术有限公司2018年，与TAKARA继续合作，授权代理（上海）Rubicon和Cellartis 试剂。红荣微再以“传递科学价值，服务科学研究”为宗旨，主营干细胞、医疗、细胞治疗、器官再生四大板块的产品。

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