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Quick Cell探针法支原体检测试剂盒(Quick Cell qPCR Mycoplasma Detection Kit with Probe)采用支原体特异性引物和支原体特异性荧光探针(报告基因为FAM),用于对样品的支原体基因组DNA进行荧光定量PCR扩增检测。试剂盒内同时含有内参对照质粒mycoIC2和相应的引物和荧光探针(报告基因为VIC),用于监控支原体DNA提取和qPCR扩增的效率。本试剂盒可用于检测一切可能含支原体的样品,比如:体外细胞培养的上清、血清、各种体液(如唾液、尿液、鼻腔分泌物)、别的液体样品。
经多次测试,本试剂盒有记录可以识别在体外细胞培养中曾经报道出现的20种支原体。根据文献报道,这些支原体基本上占污染细胞的支原体种类的100%。具体如下:(1)M. hyorhinis、(2)M. fermentans、(3)M. arginini、(4)M. hominis、(5)M. orale、(6)M. salivarium、(7)M.pirum、(8)A. laidlawii、(9)M. agalactiae、(10)M. bovis、(11) M. bovoculi、(12)A. axanthum、(13)M. buccale、 (14) M. pneumoniae、(15)M. arthritidis、(16)M. pulmonis、(17)M. gallisepticum、(18)M. gallinarum、(19)M. canis、(20)Ureaplasma urealyticum(M.为Mycoplasma的缩写;A.为Acholeplasma的缩写)。
订购信息
产品名称 | 产品货号 | 规格 |
Quick Cell探针法支原体检测试剂盒 | AC16L068 | 50T |
产品组分
产品组分 | 规格 |
探针法溶液1P(50T) | 550 μL,含支原体和内参检测用引物及荧光探针 |
探针法溶液2T(50T)
| 50 μL,酶溶液 |
内参质粒mycoIC2 | 500 μL |
去离子水 | 1.2 mL |
阳性支原体DNA | 50 μL |
注:①本试剂盒由于含有内参质粒mycoIC2(用于监控支原体DNA提取和qPCR扩增的有效性),客户可以选择进行样品支原体DNA的提取(内参质粒mycoIC2在支原体DNA提取过程中加入),也可以选择不进行样品支原体DNA的提取(内参质粒mycoIC2在配制体系时加入)。
②本试剂盒的配套仪器可以是任何具有FAM和VIC检测通道的荧光定量PCR仪。
运输与保存
蓝冰运输。-20℃避光保存,有效期60个月。
使用方法
1. 待测样品的前处理
为了准确判断细胞是否有支原体的污染,待测的细胞培养液样品需要取自换液后培养2-3d且汇合度在90%左右的细胞培养液上清(贴壁细胞)。悬浮培养的细胞也需要在换液传代后,让细胞生长2-3d再取培养液进行检测。可以按照以下两种方法之一进行样品的前处理:
1.1 方法一:对样品进行支原体DNA的提取
很多样品(比如:培养很多天的细胞上清、血清、血浆等)由于含有抑制PCR扩增的成分,如果样品不进行前处理而直接检测,有可能导致qPCR扩增失败(qPCR结果:支原体通道和内参对照通道均无扩增曲线)。该类样品建议客户进行样品DNA提取(或者离心清洗,见后文方法二)后,再进行检测。提取DNA的过程有两个作用:(1) 基本可以去除所有抑制PCR扩增的成分,保证后续定量PCR扩增的正常进行;(2)具有浓缩支原体DNA的作用,可以提高相对检测灵敏度10-100倍。
1.2 方法二:样品不经DNA提取
推荐此方法。该方法不仅可以浓缩支原体从而提高相对检测灵敏度,还可以去除绝大部分可能的抑制物,PCR扩增被抑制的可能性极低。如果该简单一步离心清洗的方法仍然无法去除抑制物,可以使用后文注意事项部分的三步离心清洗的方法。具体方法如下:
(1) 根据浓缩倍数,可以取100 - 1500 μL上述待测样品到1.5 mL离心管内,在普通台式离心机上1000 rpm (大约150 g)低速离心5 min,将离心后的上清转移到另一个离心管内,丢弃细胞沉淀。
(2) 将上清继续13000 rpm(约16000 g)高速离心10 min,小心吸走全部上清(为避免碰到底部沉淀,可以保留底部3-5 μL液体),用50μL 5 mM Tris-HCl, pH 8.0-8.8(样品可以长期保存)或者去离子水(样品比较不稳定,只适合当天或短期内检测使用)重悬沉淀(沉淀中含有支原体),吹吸均匀(如果最初使用了1500 μL的样品,则支原体浓度大约提高了30倍)。
(3) 至此,该样品可以直接进行检测,也可以进行热处理后再检测(热处理后,样品保存更稳定)。热处理具体如下:95 ℃加热处理5 min(可以转移到PCR管内,在PCR仪上进行加热处理),简单离心(1000 g,5 sec)后,取上清进行检测。
注1:这里的细胞培养上清不是指细胞经胰*消化后的离心上清,而是指至少培养2d后的贴壁细胞培养液上清(不需要胰*消化,也不能取经胰*消化后的离心上清进行检测)或悬浮细胞培养液。
注2:本步骤的低速离心是为了去除哺乳动物细胞,以排除其不必要的干扰。所以离心力要严格控制在150-200 g,该离心力下,哺乳动物细胞将被沉淀下来而支原体不会。如果错误使用更高的离心力将可能导致支原体也被离心下来,从而导致假阴性。
注3:收集的待测细胞培养液样品如果不立即检测,请放于-20℃或-80℃冰箱保存,不得放于室温或4℃冰箱。样品在-20℃至少可以保存一个月,在-80℃可以长期保存。此外,为了节约检测成本,可以将不同时间收集的样品放于-20℃或-80℃冰箱保存,而后一起检测。
2. 荧光定量PCR体系的配制
本步骤所有操作强烈建议使用进口滤芯吸头(比如Axygen滤芯吸头)进行操作,以避免试剂被污染。操作之前,请认真看完后文的注意事项后,再进行操作:
将探针法溶液1P、阳性支原体DNA、去离子水、内参质粒mycoIC2从-20 ℃冰箱中取出,放室温融化(也可以用手握住帮助融化)。探针法溶液1P和探针法溶液2T开盖之前,请高速离心一下(5000 rpm,离心1min)。探针法溶液2T不能在室温长久放置(可以短时间放置5-10min),建议在-20 ℃冰箱直接吸取。
如果样品总数为N(N=待测样品数+1个阳性对照+1个阴性对照),待测样品的前处理方法不同,对应的反应体系也不同,具体如下:
2.1样品进行DNA提取后的反应体系
在DNA提取过程中,必须按说明书加入内参质粒mycoIC2。如果提取时没有加入内参质粒mycoIC2,则按照后文“样品不经DNA提取的反应体系”进行操作:
(1) 反应体系:
表1. 样品经DNA提取后的反应体系
单个样品体积(μL) | 样品总数 | 总体积(μL) | |
探针法溶液1P | 11 | N | 11×N×1.06 |
探针法溶液2T | 1 | N | 1×N×1.06 |
注:总体积中多配制6%(该比例如果觉得不合适,可以自己调整),是为了防止移液误差,以保证每个反应管中的反应液足量。
例:如果待测样品为8个(加上1个阴性和1个阳性对照),则样品总数为10个。探针法溶液1P的总体积为11×10×1.06=116.6 μL,探针法溶液2T的总体积为1×10×1.06=10.6 μL。
(2) 将上述2种溶液混合,吹打均匀后,按每管12 μL分装到荧光定量PCR八联管中。
(3) 待测样品管加入18 μL提取好的待测样品DNA(样品DNA加入量不能减少,否则内参质粒扩增可能失败);阴性对照管加入2 μL内参质粒mycoIC2(吹吸均匀后加入)和16 μL去离子水(为防止去离子水被污染,此处建议使用20 μL移液枪配合200 μL吸头进行吸取操作);阳性对照管加入2 μL阳性支原体DNA(吹吸均匀后加入)和16 μL去离子水。每管反应液的总体积为30 μL。
2.2 样品不经DNA提取的反应体系:
(1) 反应体系:
表3. 内参质粒mycoIC2统一在配制PCR反应体系时加入
单个样品体积(μL) | 样品总数 | 总体积(μL) | |
去离子水 | 14 | N | 14×N×1.06 |
探针法溶液1P | 11 | N | 11×N×1.06 |
探针法溶液2T | 1 | N | 1×N×1.06 |
内参质粒mycoIC2 | 2 | N | 2×N×1.06 |
注:总体积中多配制6%(该比例如果觉得不合适,可以自己调整),是为了防止移液误差,以保证每个反应管中的反应液足量。
例:如果待测样品为8个(加上1个阴性和1个阳性对照),则样品总数为10个。去离子水的总体积为14×10×1.06=148.4 μL,探针法溶液1P的总体积为11×10×1.06=116.6 μL,探针法溶液2T的总体积为1×10×1.06=10.6 μL,内参质粒mycoIC2的总体积为2×10×1.06=21.2 μL。
(2) 将上述3种溶液混合,吹打均匀后,按每管28 μL分装到荧光定量PCR八联管中。
(3) 待测样品管加入2 μL待测样品DNA,阴性对照管加入2 μL去离子水,阳性对照管加入2 μL阳性支原体DNA(吹吸均匀后加入)。每管反应液的总体积为30 μL。
(4) 盖上荧光定量PCR八联管盖子,去除反应管中的大气泡,3000-6000 rpm离心30 sec。
注:定量PCR八联管的封盖,应该佩戴全新的PE手套进行操作,避免裸手接触定量PCR八联管。
3. 实时荧光定量PCR扩增:
将PCR八联管放入荧光定量PCR仪内,设置如下实时荧光定量PCR扩增程序:
表3. 荧光定量PCR扩增程序
步骤 | 作用 | 循环数 | 温度 | 时间 | 收集荧光信号 |
1 | 预变性 | 1 cycle | 95 ℃ | 2 min | 否(No) |
2 | 预扩增 (不收集荧光) | 5 cycles | 95 ℃ | 10 sec | 否(No) |
60 ℃ | 35 sec | 否(No) | |||
3 | 正式扩增 (需要收集荧光) | 40 cycles | 95 ℃ | 10 sec | 否(No) |
60 ℃ | 35 sec | 是(Yes) |
注:支原体检测荧光通道选择FAM(Reporter: FAM,Quencher: None);内参对照检测荧光通道选择VIC(Reporter: VIC, Quencher: None);反应体积(Sample Volume)为30 μL;参考荧光(Passive Reference,只有ABI仪器需要设置)选择None。
4. 结果分析:
4.1 ABI StepOne Plus 荧光定量PCR仪基线和阈值设定方法
其他荧光定量PCR仪的设置大同小异,请参考各自仪器说明书进行设置。
(1) 基线(Baseline)的设定:可以将Auto baseline前面的√ 去掉,然后手动设置基线的起点为2(将刚开始荧光值不稳定的几个循环排除在基线之外。如果起点2不合适,可以适当增减),终点为10左右。
(2) 阈值(Threshold)线的设定:不同通道的阈值应该分别设定。设定某个通道阈值线时,首先选中含阴性对照的若干个样品,去掉仪器勾选的自动Threshold线,将其选项“√ Auto”改为“ Auto”,然后手动调整阈值线,以阈值线刚好超过正常阴性对照FAM通道扩增曲线(无规则噪音线)的最高点为准。
4.2 实验有效性判断:
阳性对照管:其FAM通道有典型的S型扩增曲线(即指数扩增),其VIC通道的扩增线呈直线或者S型曲线。
阴性对照管:其FAM通道的扩增线呈直线,其VIC通道应该有典型的S型扩增曲线。
如果阳性对照管、阴性对照管同时满足上述条件,则说明本次实验结果有效,否则实验结果无效。
典型的阴性直线型扩增线和阳性S型扩增曲线如图1所示:
图1. 典型的阴性直线型扩增线(左)和阳性S型扩增曲线(右)
4.3 待测样品结果判断:
待测样品有可能出现以下4种组合:
表4. 待测样品管FAM通道和VIC通道可能组合
组合 | FAM通道(测支原体) | VIC通道(测内参) | 支原体污染判断 |
1 | S型曲线 | S型曲线 | 支原体污染 |
2 | S型曲线 | 直线 | 支原体污染 |
3 | 直线 | S型曲线 | 无支原体 |
4 | 直线 | 直线 | PCR被抑制,结果无效 |
待测样品管只要FAM通道有S型扩增曲线(组合1和组合2)就说明有支原体污染。因为外加的内参质粒mycoIC2分子数极少,如果支原体含量很大时,内参质粒的扩增会被抑制,导致内参VIC通道无信号(组合2)。
如果待测样品管FAM通道呈直线,而VIC通道有S型曲线(说明样品的DNA提取过程和PCR扩增过程均正常)(由于提取过程中,外加的内参质粒mycoIC2分子数较少,作为内参对照的VIC通道的Ct值会比较大),说明样品无支原体。
如果阳性对照管和阴性对照管结果正常,而待测样品管FAM通道和VIC通道均呈直线,说明PCR被抑制。如果样品是经过提取的,最可能原因是:DNA洗脱前,吸附膜中的乙醇没有挥发(解决方法:洗脱前,将吸附柱放50-65℃烘箱至少15min)。如果样品是没有经过提取的,则样品本身含有抑制PCR的成分(解决方法:将样品进行DNA提取或者离心清洗)。
注1:阳性结果需要结合扩增曲线(主要)和Ct值(次要)进行判断,不能只看Ct值(因荧光值的波动,个别阴性样品虽然扩增曲线基本呈直线,但可能会出现Ct值,此类样品不能判断为阳性。反之亦然:有些样品有S型曲线,但是因为荧光值波动,导致没有Ct值,此类样品不能判断为阴性)
注2:无论FAM通道,还是VIC通道,只要其扩增曲线有明显抬升(呈现S型曲线趋势),即使其Ct值在35-40范围内,该检测结果仍可判断为阳性,可以报告该Ct值。
注3:结果判断完后,将PCR八联管用自封袋密闭后,进行适当处理。
注意事项
1. 本产品主要用于细胞上清支原体污染检测,仅限于科学实验研究使用,不得用于临床诊断、治疗等领域。
2. 防DNA污染注意事项:
(1) 强烈建议所有操作(特别是qPCR体系配制步骤和吸取试剂盒中试剂的时候)使用滤芯吸头进行操作,以免试剂被污染。
(2) 必须确保使用的移液枪本身没有残留的支原体。
(3) 样品前处理的各类吸头、离心管,以及吸取阳性对照DNA、待测样品DNA的吸头,务必小心处理,请将其装入含有半瓶水的带盖的、可密封的瓶子内,全部样品吸取完后,盖上瓶盖,以防止阳性DNA的挥发,造成环境的污染,进而造成假阳性。整个操作过程,最好不要说话,因为人的口腔和唾液都是带支原体的。
(4) 反应后,请勿打开反应管的盖子,否则有可能造成检测环境的污染。结果判断完后,将其用自封袋密闭后,进行适当处理。
3. 实验室必须严格分房间操作(本试剂盒建议在有窗户、通风良好的普通房间内操作,请勿在密闭的房间操作。请勿在细胞培养间进行该步骤的操作,因为细胞培养间支原体污染概率很高):
试剂配制房间1:专门进行定量PCR体系的配制(建议该房间全部使用进口滤芯吸头。)
DNA提取房间2:专门进行支原体DNA的提取;
DNA加样房间3:专门进行定量PCR体系配制后,添加待测样品、阳性对照、阴性对照等操作;
PCR扩增房间4:进行实时荧光PCR扩增检测。
注:如果房间紧张,可以考虑将房间2、房间3合并在一个房间,而房间1和房间4必须独立。各房间物品(包括移液枪)均为专用,不得交叉使用。
4. 如果出现qPCR的扩增被细胞的代谢产物抑制时(qPCR结果:支原体通道和内参对照通道均无扩增曲线),可以采取以下几种措施:
(1) 将取样的时间提前到换液后2 d或3 d,此时细胞上清的PCR扩增抑制物相对比较少,一般不会产生严重的抑制。据我们测试,换液后5 d,PCR扩增抑制物就已经大量积累。
(2) 用PBS对待测样品进行离心清洗,去除样品中的抑制物。具体方法如下:取1 mL细胞上清,先13000 rpm离心10 min,吸走950 μL上清;加PBS 950 μL,再次离心,吸走950 μL上清;再加PBS 950 μL,第三次离心,小心吸走全部上清(为避免碰到底部沉淀,可以保留底部3-5 μL液体),用50 μL 5 mM Tris-HCl, pH 8.0-8.8 重悬沉淀,95 ℃加热处理5 min,简单离心(1000 g,5 sec)后,取上清进行检测。但是该方法有如下缺点:第一,如果样品支原体含量较少,离心清洗可能导致漏检,因为离心清洗过程中,可能导致支原体部分丢失。第二,个别样品,即使经过上述清洗也无法去除抑制剂。
(3) 抽提细胞上清的支原体DNA后再进行PCR鉴定。
(4) 使用李记生物的Quick Cell支原体快速检测试剂盒(细胞培养专用)(货号:AC16L061)或者Quick Cell 发光法支原体检测试剂盒(货号:AC16L062)进行检测,经测试,未发现这两种试剂盒会被细胞的代谢产物所抑制。为了预防PCR的扩增被细胞的代谢产物抑制的问题,也可以考虑将所有待测样品全部进行离心清洗或者DNA提取后,再使用本试剂盒进行检测。
5. 支原体检测样品可以分成两类:第一类,用含血清的培养液培养的哺乳动物细胞上清液,由于该条件非常适合支原体生长,培养数天后,支原体密度一般较高,可达107-9/mL,可以直接检测。第二类,低温保存的血浆、血清、脐带血、胰*、抗生素、未使用的培养液等样品,由于这些样品即使有支原体污染,支原体含量一般很少,直接使用快速支原体检测试剂盒进行检测,往往检测不出来。这些样品建议:(1)对样品的支原体进行离心浓缩将支原体DNA浓缩提取,该两种方法大约可以将检测灵敏度继续提高10-100倍。该方法速度快,当天出结果,但是可靠性不如后面的培养法。(2)使用支原体液体培养基(必须同时接种不含精*酸和含精*酸的两种支原体液体培养基)培养3-7 d后,再进行检测。具体方法请参考李记生物Quick Cell 发光法支原体检测试剂盒(货号:AC16L062)说明书中最后的注意事项部分。该方法速度较慢,需要3-7 d,但是可靠性高。
6. 如何提高本试剂盒检测灵敏度:如果预期待测样品支原体含量较少(比如,低温保存的血清、脐带血、胰*、抗生素、未使用的培养液、生物制品、极个别细胞培养上清等),可以采取以下几种措施:(1)将支原体DNA浓缩提取后再进行检测(提取过程还可以把所有可能的PCR抑制剂全部去除),大约可以将检测灵敏度提高10-100倍。(2)对支原体进行离心浓缩:取1 mL细胞上清,先13000 rpm(约16000 g)离心10 min,吸走全部上清,用50 μL 5 mM Tris-HCl, pH 8.0-8.8 重悬沉淀,95 ℃加热处理5 min,简单离心后(1000 g,5 sec),取上清进行检测。该离心浓缩过程大约可以将检测灵敏度提高20倍。(3)如果样品是未经提取的,可以通过增加反应管中样品DNA的加入量,比如由原来的2 μL增加到18 μL,如此可以提高检测灵敏度9倍(没有提取纯化或者离心清洗的待测样品,一般不能直接扩大待测样品体积,否则PCR被抑制的可能性将大幅度增加。)
7. 如发现细胞被支原体污染,推荐使用李记生物的Quick Cell支原体祛除预防试剂盒(货号:AC16L066)、EZ 水浴锅抑菌剂(货号:AC16L162)、EZ 细胞房除菌剂(货号:AC16L143)。产品详情可咨销或见官。
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