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医疗机构排出的污水来源及成分十分复杂，污水中含有大量的传染性病菌、病毒和化学药剂等有害物质，具有极大的危害性和传染性。医疗污水特别是传染病医院或传染房排出的污水若未经过严格的无害化处理而进入城市下水管道或环境水体，会引起水源污染和传染病暴发流行，严重危害人们的身体健康。
目前，医疗废水的处理工艺，主要由一级沉淀消毒处理和二级生化消毒处理工艺。具体处理工艺可根据出水要求进行选择。当处理废水可排入城市污水管网时，采用一级处理，要求直接排放时，采用二级处理工艺。
