一、微生物菌种需要4℃冰箱保存
1、液体石蜡保存法
先将液体石蜡灭菌，然后放于37℃恒温箱中，使水汽蒸发掉备用。再将需要保存的菌种在zui适宜的斜面培养基中培养，用无菌吸管吸取已灭菌的液体石蜡，注入已长好的斜面培养基上，用量以高出斜面顶端1cm为准。试管需直立，置4℃或室温下保存，一般无芽胞细菌可保存1年左右。
2、蒸馏水保存法
取灭菌蒸馏水6-7ml加于试管斜面上，用吸管研磨，洗下菌苔充分混匀，将此菌液分装于灭菌的螺旋小瓶中，或用胶塞密封，置4℃保存可存活数年。
3、高层半固体琼脂石蜡保存法
将需保存的菌种经平板划线分离后，挑单个菌落用接种针反复穿刺接种到高层半固体琼脂培养基中，经37℃12小时培养后取出，用无菌操作将灭菌的液体石蜡滴加半固体琼脂菌种管表层约0.5cm高度，存放4℃冰箱，1年转种1次。
二、微生物菌种需-20℃冰箱冷冻保存
1、甘油保存法
甘油一生理盐水保存液的制备：取甘油(分析纯)8份加入生理盐水2份，充分混合后，经121.3℃30分钟灭菌备用。
将纯化后的菌株根据菌种不同分别划线接种于其zui适宜生长的培养基上培养后，用接种针取典型菌落接种肉汤管37℃培养6-8小时(链球菌和奈瑟氏菌接种血清肉汤管，5-10%CO2环境下8-10小时培养，真菌直接用接种环取菌洗入肉汤管，不培养)。此为培养液。
将此培养液与保存液以5：2的比例混合分装于灭菌的微量离心管，置-20℃冰箱保存(链球菌、奈瑟氏菌置-80℃冰箱保存)。使用时需37℃水浴中快速解冻。
用上述方法保存一般菌株可存活3年以上，链球菌、奈瑟菌可存活12-15个月，且性状未发生变异。此方法采用幼龄肉汤培养物效果好，且适用于链球菌、奈瑟氏菌、弧菌、真菌等需特殊方法保存的菌种。
2、低温保存法
微生物菌种保存液的配制：K2HPO412.6g，柠檬酸钠0.98g，MgSO4·7H2O0.18g，KH2PO43.6g，甘油88g加蒸馏水至1000ml，103.4KPa灭菌30分钟，4℃保存备用。
将细菌接种于肉汤培养基中，37℃培养16-18小时，或斜面培养物刮取于生理盐水中，然后加入等体积的菌种保存液，冻存于-70℃或-20℃冰箱中。
此方法也适合甲链、肺球、流感杆菌、百日咳杆菌、绿脓杆菌等耐受力低的细菌。-70℃保存10年以上，-20℃可保存2年以上。
3、甘油原液保存法
将各待保存的菌种纯化后用接种环直接从平板上刮取，置于盛有0.5ml甘油原液的菌种瓶中，-20℃保存，可连续52个月存活良好。
此法尤其适合乙链、破伤风杆菌、产气荚膜梭菌、白色念珠菌等需特殊方法保存的菌种，是一种简便实用的有效保存方法。
4、微生物菌种细菌湿种牛奶冻存法
新鲜牛奶或15%奶粉煮沸，冷却脱脂，分装小试管，每管1ml，8磅15分钟灭菌备用。
将纯种菌接种于平板，37℃16小时培养，以接种环刮取菌苔2-3环于牛奶中混匀，试管用硅胶塞，冻存于普通冰箱冷冻室(-12℃-18℃)。使用时取出室温溶解，待部分溶解时即可取一环接种平板，并将试管再迅速冻存，这样可反复使用3-5次。此法一般微生物菌种可存活48个月，少数如奈瑟氏菌、甲链、白喉等可存活14-30个月。