目前常用的基因分型手段主要是基于NGS的简化基因组方法，包括GBS、RAD、ddRAD等，这些简化基因组方法都能够提供开放、无偏差的基因分型，但却没有一种技术可以实现针对靶向基因区的高效分型——单基因、基因家族、启动子和增强子、基因簇及非编码基因等都可能含有重要的与表型变异密切相关的多态性。因为传统的简化基因组技术，由于其以随机的方式研究遗传变异，获取的信息大部分在这些区域之外，就导致了有价值标记的检测缺失。虽然经典的微阵列的方法可以规避这一缺漏，但却存在着当基因池改变时会出现较强的检测偏差和较差的可重复性问题。

目前，大规模基因分型的困难：

1. 基因芯片：可以测大量SNP，但很难新增SNP

2. 荧光定量PCR：价格便宜，但可测的SNP数量有限

3. 全基因组测序：可以测大量SNP，但费用高

4. RAD-Seq/GBS: 无法靶向目标区域

5. 目标区域捕获：实验耗时长，必须测通插入片段

6. 扩增子测序：优化困难，规模小，不灵活

SPET靶向基因分型，提供了一种快速、可扩展、高效经济的单引物富集技术（SPET），基于新一代测序技术对各类生物样本的特异性靶向区域SNP进行有针对性的测序分型。该方法可以通过捕获每个靶向测序序列的SNP特异性数据点，提供丰富有效的测序数据，不仅有效获得靶向区分型结果，更可以快速构建具有可扩展性及低成本单SNP位点检测流程。

技术流程如下：

1. 将基因组酶切打断，该步骤操作便捷，可实现自动化；

2. 将片段化的基因组接上indexed adaptor ，DimerFree技术可消除接头二聚体的形成;

3. 针对靶向区域设计的探针捕获目标区域捕获；

4. 扩增后获得靶向区域序列文库，测序后得到分型结果。

SPET靶向基因分型通过探针设计及“鸡尾酒”式的酶切组合进行基因组片段化，能够有效地将SNP控制在测序读长范围内，辅以优化过的探针设计，确保SNP可通过单端测序测序模式检出。退火位点的设计也规避了已知多态性位点的位置，以确保扩增过程不会因此而造成偏倚。如果选择双端测序测序，还可在read 2中获得新的未知多态性位点信息，充实研究结果。

SPET靶向基因分型的优势如下：

• 方便在自动化工作站上建库

• 设计灵活

• 可扩展复用

• 集成了酶促打断

• 低起始量（10 – 1100 ng）

• 高检测通量（100 – >100,000 SNPs）

• 建库周期短（<24 h）

截至目前，已有包括人，动物，植物在内的多个物种开展了基于SPET技术的基因分型， SNP在一管内的位点达到了30万。该技术特别适合中高通量的基因分型，同时具备优化SNP的灵活特性。