冷冻干燥机用于细菌领域也常被称为菌种冷冻干燥机、细菌冻干机、菌种冻干机等，可以用于冻干保存细菌、菌种等，其操作步骤如下：

1. 所用培养基及冻干保护剂均高压灭菌；

2. 取分离所得细菌菌液或甘油保存的细菌一环，在培养板上分区或蛇形划板（大肠杆菌在麦康凯平板上划板），37℃倒置培养过夜；

3. 取一只干净的试管，倒入约10mL培养液（大肠杆菌用LB培养液），从培养过夜的平板中挑取一个单菌落于该培养液中，37℃振荡培养过夜；

4. 取10个干净的西林瓶，每瓶加入1mL冻干保护剂，再加入1mL培养过夜的菌液，盖上橡胶塞，留出气孔，标记好之后放入-80℃冰箱使其冷冻；

5. 启动冷冻干燥机预热约30min，迅速将已冷冻的菌液放于冷冻干燥机上，一般十几小时之后细菌已冻干，关闭冷冻干燥机，取出已冻干的细菌，压盖，放于-80℃超低温冰箱保存，可达十年之久。

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