胰蛋白酶的作用是以通过切断氨基酸之间的键来分解蛋白质的酶。

使用胰蛋白酶处理核小体能检测到完整核小体中易接近的的部分。胃内的消化主要是对蛋白质初步分解，胃蛋白酶具有分解蛋白质的作用，但从主细胞分泌出的胃蛋白酶是以无活性的酶原存在，必须依据胃酸激活并提供作用环境，因此盐酸激活胃蛋白质酶原、提供胃蛋白酶作用的酸性环境，是其助消化功能.胃蛋白酶原由胃底主细胞分泌，在pH1.5～5.0条件下，被活化成胃蛋白酶，将蛋白质分解为胨，而且一部分被分解为酪氨酸、苯丙氨酸等氨基酸。
就是说胃蛋白酶只有在酸性环境下才能起到较好的分解作用，但盐酸能杀死细胞，所以不用胃蛋白酶。