磷脂酰胆碱的结构式：

磷酸甘油酯甘油分子的中央碳原子是不对称的。天然的磷酸甘油酯都具有相同的立体化学构型,属于L系。磷酸甘油酯中：如X为胆碱，则应命名为：1，2-二酰基-sn-甘油-3-磷酰胆碱，亦称L-3-磷脂胆碱,俗名卵磷脂。图上构型中R1，R2代表脂肪酸链,X为连接在磷酸上的小分子化合物；名称中sn为立体化学专一编号。

磷脂酰胆碱脱脂分离：

在磷脂各种组分中，PC在醇中的溶解度比PE及PI高，据此可分离出PC。进一步通过氧化铝等处理可得到高含量的磷脂酰胆碱。通常使用的分离溶剂是C1~C4的低级醇类，如甲醇、乙醇、异丙醇、丙二醇等。用90%的乙醇对PC/PE=1.2的天然磷脂进行萃取，可以得到PC/PE=8的高PC产品。为了得到更高浓度，还可以用吸附剂分馏法或色谱分离法。用丙二醇提取，加入柠檬酸可制得食用固体磷脂。用异丙醇分离效果好，但溶剂用量大。